如何预防液相泵发生故障要保持泵的良好操作性能，必须持续保持系统的清洁，确保使用的溶剂和试剂的质量，流动相进入流路前必须进行过滤和脱气。
预防泵故障需要持久不间断的努力：
1）使用优质试剂和HPLC级溶剂，对泵对色谱柱都有好处；
2）流动相和溶剂在使用前使用优质材料过滤；
3）对流动相和溶剂进处理脱气；
4）每次开始使用时要排气放空，工作结束后从泵及色谱柱中洗去缓冲液或有害物；不让水及腐蚀性溶剂等有害物质滞留泵及色谱柱中；
5）定期更换在线过滤圈等垫圈；
6）严格遵从泵操作手册中的建议。
处于良好操作状态的泵，应该能使色谱图上的基线平稳；保留时间的重复性好。在等度洗脱时压力波动小于2％。梯度洗脱时压力变化应是缓慢和平稳的。
为了使故障发生后尽快排除，平时应常备密封、单向阀（入口与出口）、泵头装置、各式接头、保险丝等部件，以及更换工具。