机械手刀库操作者只须关注换入主轴上的刀具是否为目标(想要的)刀具，不必关心刀具放入到哪个刀套中，即刀具号与刀套号不一一对应。
正常换刀逻辑为1目标刀具转到换刀位置；
2主轴准定角度到位
3Z轴移到换刀点
4刀套垂直
5机械手抓刀
6主轴松刀
7机械手交换刀具
8主轴紧刀
9机械手回原位
10刀套水平回刀库
如果换刀开始，中途出现可自行恢复的报警(比如气压检测报警，当气压恢复到正常后报警自行解除)时，刀库换刀会即行暂停，此时不必惊慌，不要按复位键或急停键。只须将进给倍率打到0%的挡位后，再打开单段执行开关按钮，然后等报警消除后按循环启动，直至换刀动作完成。关闭单段执行，调整进给倍率继续执行程序。
如果在换刀过程中出现紧急情况非得急停或复位才能避免造成更大的损失时，请果断按复位或拍急停。此时情况较为复杂，分刀具未交换和刀具已交换两大种。
刀具未交换时，一般不会产生刀库乱刀，只须将机械手释放刹车后手工摇回，手动按刀套回刀库电子阀按钮将刀套返回刀库后按复位即可。
刀具已交换时，一般会产生刀库乱刀，须将机械手释放刹车后手工摇回，手动按刀套回刀库电子阀按钮将刀套返回刀库后按复位，取下主轴当前刀具后，方式开关选择MDI方式，只输入M06;执行完后，观察主轴上的刀具与操作面板上显示的当前刀号是否一致，不一致将其在手动方式下取下，手动换上目标刀具。再重复执行M06;将卸下的刀具装回即可。
目前最新出厂的发那科系统的机械手式刀库的机型无论何种情况，基本能保证刀库不会乱刀现象的发生。
有一种乱刀现象，其起因是使用环境和使用年限的原因造成某些检测信号异常，导致乱刀，碰到此类问题，首先要按照逻辑判断故障元器件，将其修复或更换后，先要将刀库中的所有刀具取出(从刀库中用工具取出或逐一换到主轴上手动取出)，然后从主轴侧逐一装刀即可。