(一)故障的确认
电控发动机的控制系统(ECU)所控制的仅仅是发动机的电控部分，而无法兼顾到发动机的全部，特别是机械部分。
电控发动机电脑ECU不能监测由以下原因引发的故障。
(1)一般低档车的ECU不能监测不工作的点火线圈、污染或损坏的火花塞以及高压线断芯而引起的高压点火电路的故障。
(2)ECU不能监测电动汽油泵进口滤网、燃油滤清器管路的堵塞，进油管线或回油管挤扁而引发的来油不畅，或混合气过稀的故障。
(3)ECU不能监测空气滤清器进口或空气滤芯堵塞或节流的原因使空气流量变化而引发的故障。
(4)ECU不能监测气缸压力的高或低，或者各缸压力的均匀度。
(5)ECU不能监测插头、插脚损坏，但会产生因这种情况所导致的故障码。
(6)ECU不能监测接地不良，但会产生因这种情况所导致的故障码。
(7)ECU不能监测真空助力器在发动机控制系统中的真空管路的泄漏或节流，然而进气歧管绝对压力传感器的真空度会被监测且ECU还会记录故障码。
以上10条是电控发动机监测不到的故障原因，在维修电控发动机时应予重视。是电控故障还是机械故障，必须正确区分发生的部位和表现特征，方能准确迅速地判定和排除故障。检查中，如果发动机有故障，而发动机故障警告灯没有点亮(未显示故障码)，此时说明发动机的故障可能在机械部分。一般来讲，机械故障大都发生在下列情况：火花塞和高压线路本身有缺陷；发动机曲轴箱强制通风装置阀门或管道堵塞；空气滤清器堵塞；进气管附近漏气或真空管有缺陷，这些部分产生的故障不属于电控部分的故障，但均会引起汽车发动机的不正常工作。例如，当火花塞、高压线有缺陷时，往往会出现发动机怠速不稳、加速断火、排气管放炮等故障。再比如，空气流量计壳体若破损造成漏气现象，使ECU监测失误，进而会导致发动机转速失准和运转无力。
以上机械部分故障大都属小的故障，大的机械故障则发生在配气机构(配气相位失准、气门弹簧断裂、液压挺柱堵塞)和点火正时上(正时齿轮记号不对)。配气相位和点火正时不正确，一般都需拆解检查。
除上述外，还有气缸和活塞环配合间隙过大、发动机窜油和轴瓦响等也属于机械故障范围，电控系统监测不到，这部分故障较容易判断，不容易混淆。
(二)故障的分析
电控发动机上的电磁开关、电磁阀、继电器、电动机及喷油器等，这些器件在正常工作中都会发出一定的响声。如出现的响声变小、响声无规律或根本无响声等现象，就可以判定该器件或该电路出现了故障。
(三)排除疑难故障前的检查项目
(1)检查各熔丝是否有损坏现象。
(2)检查空气滤清器和汽油滤清器，查看滤芯及周围是否有脏物、杂质和污染物，必要时予以清洗并更换滤芯。
(3)检查各真空管道是否有渗漏、堵塞和连接不良，真空软管是否破损老化。
(4)检查电控系统导线的连接情况是否良好，有无松动、断开和脱落现象，特别是插接部分。
(5)检查每个传感器和执行器是否有明显的损伤。
(6)检查发动机在运转情况下，进排气歧管及氧传感器处是否有泄漏，燃油管道有否渗漏。
(7)检查喷油器是否有脏物，燃油喷射压力是否在规定范围内。
(8)检查高压是否正常。
(9)检查各缸压力是否在规定范围内。
(10)倾听发动机有无异响。
在完成上述检查基础上，利用发动机的基本工作原理和电控喷射方面的原理，从油路、电路、气路进行科学地综合分析。千方百计寻找与故障有关联的因素。本着由简到繁，由易到难，由外到内的原则，进而寻找产生故障的真正原因，并设法排除它。