军工质量管理体系审核在遵循国际惯例的基础上，着重突出军方特色，满足军方要求，以军方为关注焦点，主要有以下特点：
一、注重产品实物质量
军队要完成保证国家安全，抵卸外来侵略的神圣使命，武器装备质量的好坏，性能是否先进，便成了军方订购部门和使用部门最为关注的问题。质量管理体系的有效运行和良好的过程控制，是产品实物质量的重要基础。实施质量管理体系审核，就是要通过以产品实物质量为主线，认真审核承制单位质量管理体系、过程控制质量以及服务质量来促使其持续有效地提高产品质量。
二、审核范围更广
军工产品质量管理体系审核是在GB/T19001—2000的基础上，加上军方对产品质量的特殊要求，构成GJB9001A—2001，GJB/Z9001A-2001。因此，军工产品质量管理体系审核在审核范围上涵盖了产品的全系统、全过程、全寿命。既适用于整机承制单位，也适用于协作配套产品和重要材料、元器件的承制单位。
三、审核准则体现军方特殊要求
军工质量管理体系审核的准则：一是GJB
9001A-2001，GJB/Z9001A-2001；二是组织的质量手册、质量管理体系程序文件；三是相关的国家、行业或地方的法律、法规；四是产品技术规范、军方及配套单位在合同中明确的特殊约定事项。
四、审核重点突出、讲求实效
军工质量管理体系审核工作对武器装备承制单位而言，其本身具有帮助、促进和推动武器装备承制单位提高工作质量和产品质量的作用，同时对扩大武器装备承制单位的影响和增强其置信度具有潜在的效果。因此，军工质量管理体系审核除了普遍运用通用和专业标准外，应掌握重点，突出军方特色，至少应包括下。列内容：
1．产品（技术、质量）要求；
2．合同、标书、研制任务书要求；
3．军方特殊要求；
4．明确军方满意、趋势和指示；
5．相关国家军用标准；
6．过程（工序）能力分析；
7．测量、试验系统分析；
8．关、重、特过程控制；
9．可靠性、维修性、保障性及风险分析；
10．失效模式和效果分析；
11．持续改进和提高能力分析；
12．交付能力（进度）；
13、交付后的服务质量。
五、审核结论不仅针对体系而且包括产品、过程和服务
军工质量管理体系审核结论分两项内容。一是审核结束后，审核组形成的总体结论，如推荐认证注册、推迟认证注册、建议不推荐认证注册。二是不符合项中的意见，审核组不仅要对承制单位体系、过程和服务中的符合性作出评价，而且要对其持续有效性作出评价，这种评价要紧紧围绕“满足质量要求和目标”进行，强调的是对产品质量的影响作出说明。通常是指对产品过程检验（试验）结果或对最终产品质量的影响。通过对不符合项事实的追踪检查来判定对产品质量影响的程度，而不是逻辑推理的结果和估计。
六、军方代表参加
军工企事业单位大多派驻军事代表，承担军工产品质量管理体系审核审核员应主动邀请军事代表参加。在完成审核任务的同时，还应对审核中发现的问题和不合格项，不局限于提出纠正措施的要求，而且可以向受审核方提出采取纠正措
施的方法及有关要求，邀请顾客及其代表积极帮助并配合受审核单位针对不符合项和问题进行分析研究，采取措施，真正促使其改进并提高工作质量，进而确保产品质量。
质量管理体系审核﹑质量监督与检验﹑第三方审核和管理评审的特点对照列入表1，内审、第二方质量管理体系认定审核与第三方认证审核的特点对照列入表2，质量管理体系审核与管理评审的特点对照列入表3。