相比于填充柱，毛细管柱具有更高理论及有效塔板数。对于几乎所有的样品，毛细管柱效更高，从而大大改善了峰的分离度，分离能力大幅提高使许多分析能够在非常短的时间用非常短的色谱柱完成
0.53mm大口径毛细管柱大大减少了填充柱与毛细管柱在样品容量上差别，而且近年来检测器敏感度的提高也降低了大量样品的需求。0.53mm大口径毛细管柱已广泛应用，正在越来越多地提到填充柱。
我们鼓励用户尽量用代表现代技术的毛细管柱，但填充柱依然比毛细管柱有更大的样品容量，有些过程控制仪器和一些老的标准方法仍然采用填充柱。
毛细管色谱柱类型的选择
当面对一个未知物时，先试用现有GC柱，如果该柱分离不理想，根据你对样品的了解，基本原则是分析物与固定相有相似化学性质时才会相互作用。这说明对样品越了解，越容易找到合适的固定相。
非极性分子：通常仅由C和H组成并且无偶极距，直联(正烷)是常见的非极性化合物的例子
极性分子：主要由C和H组成同时也有其他原子，如：N、O、P、S或卤素。样品包括有醇类、胺类、硫醇类、酮类、有机卤化物等。
可极化物质：主要由C和H组成同事包含不饱和键。通常有炔和芳香族化合物。
如果你的样品是具有相似的化学性质的非极性组分的混合物，比如大多数石油馏分中的烃，你可以试用SE-30毛细管色谱柱，它按沸点顺序分离。如果你怀疑有芳香族化合物，试着用有苯基的SE-54或OV-35柱。
极性或可极化组分样品能够在中性和或可极化固定相色谱柱上进行分析，如有苯基或类似基团固定相，比如OV-17或OV-225柱。如果需要更高极性，可以选用聚乙二醇(PEG)固定相，即通常所说的WAX固定相。
毛细管色谱柱规格的选择
膜厚
薄膜比厚膜洗脱组分快、峰分离好、温度低。
一般而言，色谱柱的膜厚为0.25到0.5um。对于流出达300℃的大多数样品(包括蜡、甘油三酯、甾族化合物等)能够很好的分析。对于更高的洗脱温度，可以用0.1um的液膜。而厚液膜对于低沸点化合物有利，对于流出温度在100℃～200℃之间的物质，用1～1.5um的液膜效果较好。超厚膜(3～5um)用于分析气体、溶剂和可吹扫出来的物质，以增加样品组分与固定相的相互作用。另一个选择厚膜的原因是当用大口径柱时保持分离度和保留时间。由于这个原因，大口径柱都是有厚膜。厚膜的流失较大，温度极限必须随膜厚度增加而下降。
长度
一般情况，15m柱用于快速筛选简单混合物或分子量极高的化合物。30m柱是最普遍地柱长。超长柱(50、60或100、150m)用于非常复杂的样品。
柱长度在柱性能上不是一个重要参数，例如：加倍柱长，恒温分析时间则加倍但峰分辨率仅增大40%。如果分析只是比较好但不是特别好的，有比增加柱长度更好的办法来分析结果，如考虑更薄的膜，优化载气流量或用程序升温等。
分析活性极强的组分是一种特殊情况。如果样品与柱材质接触，那么峰会严重拖尾。较厚的膜、相对短的柱可以由于较少的柱材和较厚的固定液体掩盖其表面以屏蔽活性表面从而减少相互作用的机会。
内径
增加直径意味着需要更多的固定相，及时厚度不增加，也有较大的样品容量。同时也意味着降低了分离能力且流失较大。小口径柱为复杂样品提供了所需的分离，但通常因为柱容量低需要分流进样。如果分离度的降低能够接受的话，大口径柱可以避免这一点。当样品容量是主要的考虑因素时，如：气体、强挥发性样品、吹扫和捕集或顶空进样，大内径甚至PLOT柱可能比较合适。
同时色谱柱内径的选择中要考虑仪器的限制和要求。填充柱的进样口可以使用大口径毛细管柱(0.53mm内径)，而小口径柱就不一定能够被连接在仪器上使用。毛细管柱的进样口一般可以用于所有内径范围的毛细管。(0.1mm、0.25mm、0.32mm、0.53mm)直接联用的GC/MSD和MSD需要小口径柱，因为真空泵不能处理大口径的大流量。查明你的整个系统看看那些是适合那些柱内径的色谱柱。
样品容量近似值/ng
毛细管柱
内径/mm
毛细管色谱柱液膜厚度/um
0.1
0.25
0.5
1.0
0.10
10
30～40
50～70
100～200
0.20
20～30
60～80
100～150
250～350
0.25
30～40
125～175
175～250
400～500
0.32
50～70
200～250
250～350
600～800
0.53
100～120
400～500
500～700
1000～1500