水分含量的多少，对药物的稳定性、理化性状及生理作用等都可能产生影响。所以多数原料药及固体制剂的质量标准中都规定有水分检查项。根据水分子与药物分子之间结合的紧密程度，药物中的水分可以简单的分为结合水和吸附水，但二者之间并没有严格的界限。
水分的分析方法很多，有费休氏法、测定法、差示扫描量热法、单晶X-射线衍射法等方法。其中费休氏法、干燥失重测定法是最为常用的两种方法。
卡尔费休水分测定仪法是根据碘和二氧化硫在吡啶和甲醇溶液中与水起定量反应的原理测定水分。测定时先将样品在规定的溶剂中溶解后滴定，通常情况下样品中所有水分均释放到溶剂中，所以测定结果包括吸附水和结合水两部分。但应当注意：一些氧化剂如铬酸盐,还原剂如硫代硫酸盐以及其它能与试液生成水的化合物会干扰测定；有些羰基化合物对此法也有干扰：活泼的醛和酮与试剂中的甲醇反应生成缩醛和水，造成检查结果偏高。
干燥失重测定法测定的是样品在常压或减压的条件下经干燥后所减失的重量，减失部分除有极小量的有机溶剂外主要是水分。该方法能够准确测定大部分药品的水分含量，但当样品中含有结晶水，尤其是当结晶水与药物分子结合紧密时，测定的结果往往不是样品中水的总量，而只是吸附水。
热重分析法是在程序控制温度下，测量物质重量与温度关系的一种技术。通常情况下，本法适用于药物结晶水的测定和贵重药物（样品用量较小）或在空气中易氧化药物的干燥失重的分析。同干燥失重测定法一样，该方法也是利用加热使样品失重，只是利用程序控制温度，优点在于其测定时所需样品的量较小，分析时间较短，数据处理更方便，获得的信息量大。但当结晶水与药物分子结合的非常紧密时，结晶水在药物熔融分解时才释放，此时的测定结果易造成样品中不含结晶水的假象。
差示扫描量热法是在程序控制温度下测量输给待测物质与参比物的能量差与温度(或时间)关系的一种技术，当样品中含有结晶水时，其图谱中通常会出现明显的吸热峰。但在结晶水与样品分子结合紧密时，结晶水的吸热峰有可能与样品熔融吸热峰相重叠。
单晶X-射线衍射法能够准确确定该晶型下样品中是否结合结晶水，以及结合的方式，但缺点在于单晶的制备难度大，耗时长，有时甚至无法获得单晶，因此该方法具有一定的局限性。
综上所述，建议常规水分测定方法的选择时遵循下列原则：当样品易溶于甲醇或吡啶，且不干扰滴定时，首选费休氏法；如果常规试验条件下费休氏法不适合测定该品种的水分，可以考虑干燥失重测定法，但在方法学研究时，建议采用费休氏法、热重分析法、差示扫描量热法并结合文献报道进行综合分析和验证；对于全新结构的药物，建议进行单晶X－射线分析，确认样品中水分的结合方式，以便为后期的质量研究、稳定性研究和生理活性研究提供确切的化学结构基础。