既使日常精心维护的液相色谱仪，随着使用时间的增加或使用者经验不足也会出现一些问题或故障。现将液相色谱仪容易出现的故障及解决办法介绍如下：
1.保留时间变化
保留时间的变化有三中情况：波动、缩短、延长。
保留时间出现波动时，应检查柱温是否处于恒温状态，如果设置为室温，气温的变化
会引起保留时间的波动，应该设置为恒定温度;等度和梯度间还没有充分达到平衡状态时，应该用十倍以上柱体积的流动相去平衡色谱柱;缓冲液浓度太低时，应换用>25mmol/L的缓冲液;色谱柱被污染或已经接近柱寿命时，应更换保护柱或换新色谱柱。
保留时间缩短时，流速增加，应检查流速的设定;柱温高时，应检查柱的设置;进样量太大时，减少样品用量或降低样品浓度;流动相的组成发生了改变，比如流动相中易挥发有机相蒸发，两相之间互溶不好，会导致流动相不均匀或某一相出现部分沉淀;流动相的PH值应保持3~7.5范围内，否则会引起柱键合相的流失。
保留时间延长时，流速减小，应检查流速的设定和管路是否有泄露;柱温低时，检查
柱温的设置;流动相的组成发生了改变，比如流动相中易挥发有机相蒸发，两相之间互溶不好，会导致流动相不均匀或某一相出现部分沉淀;检查流动相的pH值是否3~7.5范围内，否则会引起柱键合相的流失。
2.峰拖尾
色谱柱超载时，要减少进样量或稀释样品或使用高溶量的色谱柱;色谱柱性能不佳时，更换色谱柱;死体积或柱外体积过大时，将连接降至最低，并对所有连接点作合理的调整，尽可能采用细内径的连接;加入硅羟基，其作用是纯化色谱柱，增加缓冲液的浓度，降低流动相的pH值，纯化样品;出现峰干扰时，应清洁样品，调整流动相。
3.峰展宽
进样体积过大时，用流动相配样;样品过载时，进小浓度、小体积样品;在进样阀中
造成峰扩展时，进样前后排出气泡，以降低扩散;流动相粘度过高时，提高柱温，并采用低粘度流动相;等度洗脱，保留时间过长时，要增加流速或改用梯度洗脱;柱外体积过大时，将连接管径和连结管降至最小。
4.基线噪声
流动相或检测器中有气泡时，要对流动相进行脱气处理;检测器灯有连续噪声时，更
换氘灯;出现由污染引起的随机噪声时，应清洗色谱柱、净化样品、使用HIPLC级试剂;偶然有噪声时，可能是来自电源的干扰，如果电压不稳时，应采用稳压电源。
5.肩峰或分叉
进样量太大或样品浓度过高时，要减少进样量或稀释样品;样品溶剂太强时，应使用软弱的样品溶剂;色谱柱性能欠佳时，应更换色谱柱。
6鬼峰
色谱柱未达到平衡时，要继续平衡色谱柱;样品中溶剂出峰时，使用流动相作样品的
溶剂;出现进样阀残余峰时，使用强溶剂清洗进样阀，并改进阀和样品的清洗程序;流动相用水不合格率，应使用HPLC级的水。
使用注意事项
在使用混合溶剂作流动相时，一定要先混合，再过0.45um滤膜;等流动相恢复至室温，用超声波或He气进行脱气处理后，方可使用。
更换流动相时，必须按一定的程序进行，否则会产生问题。更换流动相有三种情况：互溶性流动相的更换、无互溶性流动相的更换和缓冲溶液的更换。对于第一种情况，先用准备更换的流动相把吸滤器完全清洗干净，再打开仪器的排液阀，按清洗键，清洗泵中的流动相。
将吸滤器放入新流动腥中，减慢流速清洗数分钟后关闭排液阀。接下来清洗色谱柱和检测器检测池直到基线平稳。对于第二种情况，先用与新旧流动相都互溶的中间清洗液(如：异丙醇)清洗，再用新流动相清洗，具体过程与第一种情况相同。对于第三情况，应先用蒸馏水作为中间清洗液进行清洗，再用新流动相清洗即可。