洁净室清洁维护时，建议使用专门的高效微粒空气过滤吸尘器，而且要定期清洗。这样洁净室干净了，才能使净化工作台发挥最大的洁净功效。吸尘器分为潮湿/干燥型和干燥型两种，非常适合用来清扫泄漏出来的污染物。危险的泄漏污染物必须由训练有素的安全人员来处理。墙壁和天花板可以用吸尘器弄干。
推荐使用不含钠、钾、氨、铁、铜、镍的水溶液，定期用湿的拖把或抹布清扫洁净室。有时候，可能需要用到洗涤剂和消毒剂，然后再用符合洁净室要求的水漂洗，例如蒸馏水或者去离子水。如果需要使用润滑油，那么最好先问问洁净室的管理人员，哪些润滑油可以使用。通常建议使用低释气的润滑油，在加完润滑油后，要把所有表面残余的润滑油擦掉，避免在油上积累微粒。
门、门框和门槛需要定期清洁。先擦门的上面，然后再擦门的两边和边沿。最好要用预先浸湿的擦拭布擦门。桌子、手推车和其他家具也需要定期清洁。家具要用长的交迭的刷子慢慢擦拭。在擦桌子或者工作台时，要由后向前擦。千万不能快速或者用力擦拭，这样会引起洁净室内空气的扰动。而且，不要忘记擦手推车和桌子的下面。
需要建立一套室内部清洁程序或者请外面的专业人员来做定期清洁。清洁的频率可以是一天一次也可以是一周一次，这要取决于实际要求。必须从洁净室最脏的一边开始清洗，先擦天花板，然后再沿着墙壁一直擦到地板。每次只能清洗一小部分而且要频繁地更换溶液和水。此外，可能还要进行额外的漂洗，特别是在需要使用洗涤剂的情况下。不建议用力或者来回擦洗。清洗洁净室应尽可能用慢的、预先设计好的直上直下的方法反复擦洗。
梯子和踏脚凳是洁净室中常用的重要工具，符合洁净室要求的这类产品是可以在市场上买到的。不要把木制的或者生锈的梯子或者凳子拿到正常运作的洁净室里。要坚持安全操作，不要站在桌子上、椅子上或者推车上。
关于清洗用的水桶，首选的产品是使用不锈钢或者塑料构件设备。必须把水桶、拖把和其他清洁工具在洁净室或者更衣室指定的区域内，最好是在这个区域内指定的专用清洁柜。每次清洁完毕，不能把洁净室区域里的清洁工具拿到外面去，这有可能会造成交叉感染。
其实从上面的注意事项中我们可以看到都是一些细节方面的问题，只有从这些细节出发，才能真正达到清洁维护。才能够保证洁净室内的结晶设备如净化工作台可以更好的发挥其最大的功效。