在使用CSA技术时，也应注意某些组织细胞内内源性过氧化物酶、内源性生物素的干扰。内源性过氧化物酶可用0.3%～3%H202抑制其活性。
标记的杂交探针或抗体的非特异性结合，以及其他目标探针的非特异性结合放大，都可给实验的分析带来困难。因为CSA技术的显著放大能力，对非特异性结合的信号也具有放大作用。
但因为CSA具有极高的敏感性，因此抗体和核酸探针可稀释到相当高的浓度，最好在目标物达到饱和所需的浓度以下，这样非特异性背景染色将大大降低或消失，而且稀释度的提高还可节约昂贵试剂的用量。
哺乳动物细胞和组织内含有生物素依赖的羧基酶，它是许多功能代谢必需的。当使用生物素链霉亲和素检测系统时，这些含有生物素的酶产生很强的背景信号。在使用时应预先封闭组织细胞内的内源性生物素。
生物素化酪胺酰胺与HRP酶促反应后，加热可改进CSA检测敏感性。在孵育液中加入增加黏性的葡萄糖硫酸盐、聚乙烯吡咯烷酮(poly-vinylpyrrolidone，PVP)可降低苯氧基原子团中间体的扩散，使信号定位更为准确。也有文献报道证明在使用标记的酪胺酰胺时，直接用HRP标记探针对于降低非特异性结合尤其有用。