显微镜是精密的光机电一体化的仪器。为充分发挥其功能，延长其使用寿命，就应注意显微镜的维护保养。
1显微镜的保养
1.1防高热
显微镜是由精密的机械和光学镜头组成的，由于各种材料热膨胀系数不同，所以显微镜不能在阳光下曝晒，也不能放在靠近火炉和暖气的地方。只能室温存放，其工作的温度范围一般为5℃～40℃。
1.2防潮
如果长期受潮，透镜很容易发霉，表面还会腐蚀，所以应在干燥环境下保存。在31℃时湿度不得>80%，温度每升高3℃，相对湿度要设法降低10%。
1.3防尘
灰尘不仅会影响成像质量，而且灰尘中往往也带有含酸、碱等腐蚀性的尘粒，容易腐蚀镜面。而硬度大的尘粒在擦拭镜头时还可能在镜面上划出伤痕，损坏镜头。此外，灰尘掉进机械活动部分时容易造成机械部分转动不灵活，甚至损坏。
1.4防腐蚀
显微镜不能接触酸类和碱类物质，也不要与挥发性很强的化学药品及其他有害药品放在一起，以免腐蚀镜头。
1.5防震
显微镜是精密仪器，剧烈的震动会造成精密度的降低。要轻拿轻放，搁置要平稳，使用时动作应轻柔。
1.6擦拭
1.6.1机械装置的擦拭
机械装置如有污渍，可用干净的柔软细布擦拭;如果擦不掉，可用擦镜纸或细绸布蘸少量二甲苯擦拭。应注意不能用酒精、乙醚等化学品，以免腐蚀装置表面的油漆。
1.6.2光学镜头的擦拭
一般采用先吹、后刷、再擦拭的方法。吹，就是用吹气球(或用洗耳球)吹掉镜头表面的附着物，但不能用口直接吹气。吹不掉时，可用干净的专用清洁毛刷轻轻地刷。经上述两种方法处理后镜头表面仍有污物时，用擦镜纸稍蘸一点二甲苯轻轻擦拭。如果发现镜头发霉长雾时，可用擦镜纸蘸少许无水酒精和乙醚的混合液擦拭，但液体不能太多，停留时间要短，以免渗入镜头内部造成腐蚀。油镜头每次用过后要及时擦拭，先用干擦镜纸擦一两次，把大部分介质油去掉，再用二甲苯滴湿擦镜纸擦两次，最后再用干擦镜纸擦一次。
1.7其他
光学镜头表面不可用手触摸，以免污染。具有张力作用的器件使用完毕后要让它回到自然松弛状态。任何可调节的部位最好都不要让它处于极端位置。电源开关不要短时内频繁开关。显微镜使用间歇中要调低照明亮度。决不可把标本长时间留放在载物台上，特别是有挥发性物质时更应注意这一点。
2常见故障的排除
2.1镜头成像质量低
由于镜片膜层损坏，或者是镜片表面生雾生霉，致使成像质量下降。对于生霉的镜头宜分别用水杨酸甲脂等化学药品熏蒸杀死霉菌的孢子，并擦净之。对膜层破坏的镜头需更换。
2.2视场中的光线不均匀
首先检查物镜、目镜、聚光镜等光学面是否受污受损，若受污，可用擦镜纸擦净;若受损，则按前面所述修理。然后检查物镜是否正在光路中，视场光阑是否聚中、是否太小。故障原因确定后一般经调整便可解决。
2.3图像模糊不清
如不是因镜头等元件损坏造成的，则检查物镜是否在正确位置，各个光学面是否变脏，根据情况按前面所述处置。若使用浸液物镜，则有可能浸液使用不当或浸液中混有气泡或杂质。
2.4调焦后自动下滑
调焦后自动下滑的原因多数是夹在手轮与齿杆套端面之间的垫圈因长期使用而磨损，引起端面静摩擦力减小所致。修理时可根据不同结构形式采取相应方法排除。对于有粗调钮张力调节环的显微镜，有可能是由于张力调节环过松引起的，可调节张力大小来排除。