裂隙灯显微镜在使用前应对仪器进行检查。一般方法是：将定焦棒插入定焦棒插孔中，打开照明电源。操作滑台上的手柄，看前后左右移动是否灵活。开大裂隙，转动光圈盘，观看光圈形状，滤色片是否良好及光圈转动是否灵活。然后开大光圈，调整裂隙，观看裂隙像开合是否均匀，两边是否平行。同时还要进行显微镜的调焦：显微镜是按正常眼调整的，医生如为屈光不正眼，应戴适合的眼镜或调节目镜的视度，此时应闭左眼，转动右目镜视度环，直到在定焦棒上看到最清晰的裂隙像为止，然后用同样的方法校正左目镜的焦点。使用完毕后回复0位，以便他人使用。双目立体显微镜的瞳孔间距可因人调节。同时也可以采用不同放大倍率的目镜和变换物镜进行放大倍率的变换。再检杳其共焦共轴是否良好。最后取下定焦棒，检查工作即告完毕。
使用时首先将被检者头部固定于颔托和额靠上，调节台面高度和旋转颔托的调节螺管，使被检眼和显微镜光轴大致对准，即被检者外眼眦与立柱上的刻线等高(头靠立柱上有一圈刻线，表示光轴大致高度位置)。用操纵手柄(或手轮)调整显微镜和裂隙灯的高度，使裂隙像位置适中，并调整滑台左右及前后位置，保证观察到的像清晰。当位置合适，聚焦正确后即可进行检查。
裂隙灯显微镜检查法，从光学原理上分，有如下几种：
1.斜照法裂隙系取45°位置，显微镜正面观察，这是最常用的方法。用斜照法可观察大部分眼前部病变，如结膜乳头增殖、结膜滤泡、沙眼瘢痕、角膜异物、角膜云翳、晶体前囊色素和晶体混浊等。这一方法主要是检查眼部的颜色和形态的变化，以判断病变。
2.反光法当裂隙灯照人眼部遇到角膜前面、后面，晶体前面、后面等光滑界面，将发生反射现象。这时如转动显微镜支架，使反射光线进入显微镜，则用显微镜观察时，有一眼将看到一片很亮的反光。前后移动显微镜可以看清反光表面的微细变化。如果转动裂隙灯和显微镜的夹角以改变照射的部位而不动显微镜，亦能达到反射光的目的(注意：显微镜必须调焦在反光表面上)。本法可用来检查角膜水肿时角膜表面“小肿泡”、角膜上皮剥落、角膜溃疡愈合的瘢痕、晶体前囊的皱纹、晶体后囊的反光或彩色反光等等。
3.后照法对焦方法基本同斜照法，但此时观察者不去看那境界清楚的被照亮处，而把视线转向视野的另一侧。例如，裂隙光从右侧照人，显微镜对焦于角膜上，裂隙光束通过角膜到达虹膜，形成一个模糊的裂斑。将视线转向虹膜光斑前方的角膜部分观察，便可看到在光亮背景上出现的角膜病灶。当角膜有新生血管或后沉着物等不透明组织时，就会在光亮背景上显出不透明的点或线条。本法适用于检查角膜后沉着物、角膜深层异物、角膜深层血管、角膜血管翳等。
4.调整光阑的用法通过拨动裂隙旋转手柄，向左或右方向转动.可使裂隙由直位转动至横位，当使用横裂隙作光学切面时，需把裂隙灯的位置放在正中位，使裂隙灯臂与显微镜之间的夹角为0°。调整光阑大小时，可得到不同长度的裂隙像，长裂隙像一般用于横扫眼部，综观眼部病变。检查晶体时可适当缩短裂隙像长度，以减少眩目。配合前置镜或接触镜进行眼底或后部玻璃体检查时，裂隙像长度也须适当缩短。
蓝色滤片常用于荧光观察，绿色滤色片则用于观察血管。