清洁验证是一个需要具有完备证明文件的过程，证明制药行业生产设备的清洁是有效的和一致的。清洁验证策略的必要性已经要求去寻找一个定量的、精确的方法，确定制药生产过程中的污染物或者清洁残渣是否存在。已经证实：TOC分析仪能够有效并且快速、简便地分析这些潜在的污染物质(3)。当前有两种清洁验证方法需要采用TOC分析：棉签技术和清洗水技术。下面是这两个方法的主要叙述。
棉签技术
棉签技术需要一些棉花，聚酯、聚亚安酯或者Teflon®的棉签，采集制药生产罐内部某些区域的样品。这些区域可以是罐的内壁，也可以是一个称作“试样”的小板(在生产过程中，这个小板悬浮在产品的表面，作为生产用罐清洁和清洗程度的标志物)。棉签放置于要采样的表面，擦拭整个样品表面。擦拭的方向和压力在清洁标准操作规程(SOP)中作了定义。然后萃取这个采样过的棉签。将棉签放入一个装有酸性溶液的小瓶中，然后执行超声波或者离心处理，最后分析此酸性溶液的TOC浓度。
也可以通过将棉签放入一个密封的、装有5%磷酸和100克/升过硫酸钠溶液的玻璃安瓿瓶中，之后分析这个棉签浸取液。无机碳形式的二氧化碳被吹扫到环境中，然后密封这个玻璃瓶。玻璃瓶被加热到100℃并保存指定的时间。最终，打开玻璃瓶，TOC以二氧化碳的形式被吹出并进行检测。
由于这个步骤的快速和简便，萃取小瓶中的棉签浸取液是最普遍的技术。虽然如此，不论采用哪些步骤，这个过程中的关键因素在于采样技术的一致性。
棉签技术存在一些疑问，例如：
1)棉签浸取液是否能够被完全萃取，以提供生产罐清洁度的精确分析呢?
2)这个小板是否能够精确地表达生产罐的清洁度呢?尤其是如果生产罐的材料与小板的材料不同的时候。
3)棉签是否加入了污染呢，换句话说，它们能否作为真正的“空白”呢?
4)棉签擦拭表面的次数是否影响最终的分析结果呢?即使存在这些疑问，棉签技术具有直接接触表面的优点。而这种接触能够提供比清洗水方法更加准确的污染物的状态。
清洗水方法
这个过程包括：在产品生产之前分析取自设备的清洗水，然后在清洁和清洗了生产设备之后再次分析这个清洗水。比较两次的分析结果以证实设备的清洁度。这个方法的关注点之一在于：清洗水是否能够从生产设备表面去除污染物;关注点之二在于：采用抓样方式或者在线取样方式测量的清洗水是否能够代表整个清洗过程。虽然如此，清洗水直接含有污染物的概率是很高的。