(一)干热灭菌
1.焚烧：是一种彻底的灭菌方法，但仅适用于废弃物品或尸体等。
2.烧灼：直接用火焰灭菌，适用于微生物学实验室的接种环、试管口等的灭菌.
3.干烤：用烤箱灭菌。一般加热至160℃～170℃经2小时。适用于高温下不变质、不蒸发的物品，如玻璃器皿、瓷器等。
(二)湿热灭菌
1.煮沸法：
1个大气压下，煮沸的水温为100℃，一般细菌繁殖体煮沸5分钟即被杀死。细菌芽胞常需煮沸1～2小时，才被杀死。水中加入2%碳酸钠，既可提高沸点达105℃，促进细菌芽胞的杀灭，又可防止金属器皿生锈。
2.巴氏消毒法(pasteurization):用较低温度杀灭液体中的病原菌、同时又不影响消毒物品的营养成分及香味的消毒方法。加热61.1～62.8℃半小时即可，常用于牛奶和酒类等的消毒。
3.间歇灭菌法(fractionalsterilization):是利用反复多次的流通蒸汽加热，杀死细菌所有繁殖体和芽胞的灭菌法。具体做法是将待灭菌的物品置于阿诺流通蒸汽灭菌器内，100℃加热15～30分钟，杀死其中的细菌繁殖体，然后将物品置于37℃温箱中过夜使芽胞发育成繁殖体，次日再通过流通蒸汽加热，如此连续三次，可将所有细菌繁殖体和芽胞全部杀死。
4.高压蒸汽灭菌法：是灭菌效果最好、目前应用最广的灭菌方法。方法是在一密闭蒸锅—高压蒸汽灭菌器内进行的。加热时蒸汽不能外溢，容器内温度随蒸汽压的增加而升高，杀菌力也大为增强。通常在1.05kg/cm2的压力下，温度达121.3℃,维持15～30分钟，可杀死包括细菌芽胞在内的所有微生物。此法适用于耐高温和不怕潮湿物品的灭菌