雾化器的性能好坏依赖于其几何形状。必须十分小心不要损坏雾化器。玻璃雾化器很容易被溶液中的颗粒堵塞固体物质很可能堵塞雾化器中间的毛细玻璃管。进样系统的堵塞往往表现在进样量的下降和灵敏度的下降，或者为进样毛细管漏液。
对于配置为流量调节阀的仪器来说，堵塞往往表现为达到同样气体流量需要较高压力,对于配置为质量流量控制的仪器，往往表现为软件的出错提示。
当使用玻璃雾化室时，如果能够观察到雾化室中有细雾产生，说明雾化器工作正常，否则可能为雾化器堵塞。
在样品与样品测试之间用清洗剂冲洗雾化器可有效防止雾化器堵塞，为减少污染可能带来的堵塞，未进样时应将样品容器盖上。如必要，将溶液过滤。
V-型槽雾化器设计用来分析高盐成分(高不溶固体颗粒)或含HF样品，常规使用时，在样品间，用清洗液冲洗，可有效防止样品在雾化器上沉积而堵塞雾化器，需要时用稀洗涤剂冲洗V-型槽雾化器(TritonX-100或类似洗涤剂)。