全自动菌落计数器因其计数准确、自动化程度高、可留存样品信息、使用方便，一般可在数秒内统计出样品菌落数、性价比高等优点，而受到众多企业、医院、科研院所的喜爱，但是由于全自动菌落计数器的科技含量较高，如果选型出现问题，对日后的检验、科研工作会带来很大不便，所以最好的办法就是在挑选时一定要挑选一台满足使用需求的菌落计数器，那如何选购一款优质的菌落计数器呢?
一、根据实际使用需求来确定CCD传感器的档次
很多用户偏向于选择像素高的菌落计数器，却没考虑到检验和科研的实际应用需求，所以用户在选购前就要确定好自己要买多少像素的CCD传感器。
二、看图像采集通道功能，指标越多越好
所谓"图像采集通道"，就是菌落计数器对于样品信息的获取能力，也就是标志着菌落计数器开始计数统计前的初始信息是否真实可靠。如果图像采集通道功能过于单一，那当后期计数时时会很容易出现误判，所以"图像采集通道"指标越多越好。指标响应时间越小，则标志着该菌落计数器获取样品信息的能力越强。
三、看最小菌落分辨率为多少
一般入门级菌落计数器最小菌落分辨率多半有0.1mm左右的效果，中等机型有0.05mm的水准，若实际比较入门、高阶机型的图档显示能力，拥有高分辨率的计数器，在菌落较小时效果会更明显。
四、看有没有数据及报表管理功能
在选购菌落计数器时一定要选有具有数据及报表管理功能的设备，于由微生物的不可复检性，对于以往检验数据的管理和回溯极为重要，不然在实际开展工作时繁杂的统计数据和报表管理会耗尽科研人员的精力。
五、不要指标高的，就要效果好的
现在有些菌落计数器在给用户介绍时，会宣传他们的产品有多少多少功能，多高多高的指标，实际上等真正买回家，根本用不到这么多功能，最重要的还是要统计菌落的实际效果好不好，不能为了过多的功能而买一个效果不是很好的设备。而统计效果的好坏关键在于算法是否合理。
六、看使用是否方便
全自动菌落计数器的一个主要优点在于它降低了人工统计菌落的工作量，减轻了工作人员的工作强度，但由于菌落形态和样品状态的不确定性，市面上大多数菌落计数器都较为强调通过人工干预来提高准确度。用户在选购设备时应注意操作是否简便、是否符合工作人员的操作习惯和操作思路。一般来说，需要的人工干预越小，使用越简便。