控制系统是恒温恒湿箱的核心，也是恒温恒湿机的大脑，由大脑发出命令，操控各个部件的工作，它决定了恒温恒湿箱的升降温速率，精度等重要指标。平衡调温调湿控制系统(BTHC)，以P.I.D.方式控制SSR，使系统之加热加湿量等于热湿损耗量，故能长期稳定的使用。所以在使用过程中，一般不会出现问题。
现在控制器一般的有两种，一种是韩国TEMI880彩色触摸式智能可程序温湿度控制器;一种是韩国进口TEMI300液晶显示薄膜按键式数据输入，两种控制器各有千秋，按自己的喜好选购