合理确定高效过滤器以及各级过滤器效率是生产部节约成本的关键。一般而言，最末端的高效过滤器决定送风的洁净程度，上游各级过滤器起保护作用，它保护末端的过滤器效率与末端的过滤器使用寿命或确保其正常工作。
设计时，应首先根据洁净室洁净度的送风要求来确定末级过滤器的效率，然后选择起保护作用的各级过滤器过滤效率，如果这过滤器需要保护，则在它的上一级增设过滤器作为预级保护;应妥善匹配各级过滤器的效率，若相邻两级过滤器效率相差太大，则前一级起不到保护的作用。如：G级过滤→F级过滤→H级过滤→U级过滤。
选择预级过滤时要将使用环境、运行能耗等等综合因素考虑进去再决定各级送风量与过滤效率。洁净室末端高效过滤器(HEPA)过滤器前要有效率不低于F8的过滤器来保护，甚至高效过滤器(HEPA)过滤器前可选用F9-H11的预级过滤器来作保护。空调系统本身应有效率不低于F5的预级过滤器来保护，在空调过滤器预级过滤中目前常见的是G3-F6.
合理确定高效过滤器以及各级过滤器效率的优点是：末端级过滤器的性能可靠，预级过滤器的效率合理寿命长，初级过滤与预级过滤器维护方便。