环境管理体系认证程序大致上分为以下四个阶段：
一、受理申请方的申请
申请认证的组织首先要综合考虑各认证机构的权威性、信誉和费用等方面的因素，然后选择合适的认证机构，并与其取得联系，提出环境管理体系认证申请。认证机构接到申请方的正式申请书之后，将对申请方的申请文件进行初步的审查，如果符合申请要求，与其签订管理体系审核
/注册合同，确定受理其申请。
二、环境管理体系审核
在整个认证过程中，对申请方的环境管理体系的审核是最关键的环节。认证机构正式受理申请方的申请之后，迅速组成一个审核小组，并任命一个审核组长，审核组中至少有一名具有该审核范围专业项目种类的专业审核人员或技术专家，协助审核组进行审核工作。审核工作大致分为
３步：
1.文件审核对申请方提交的准备文件进行详细的审查，这是实施现场审核基础工作。申请方需要编写好其环境管理体系文件，在审核过程中，若发现申请方的EMS手册不符合要求，则由其采取有效纠正措施直至符合要求。认证机构对这些文件进行认真审核之后，如果认为合格，就准备进入现场审核阶段。
2.现场审核在完成对申请方的文件审查和预审基础上，审核组长要制定一个审核计划，告知申请方并征求申请方的意见，申请方接到审核计划之后，如果对审核计划的某些条款或安排有不同意见，立即通知审核组长或认证机构，并在现场审核前解决好这些问题。解决好这些问题之后，审核组正式实施现场审核，主要目的就是通过对申请方进行现场实地考察，验证EMS手册、程序文件和作业指导书等一系列文件的实际执行情况，从而来评价该环境管理体系运行的有效性，判别申请方建立的环境管理体系和ISO14001标准是否相符合。
在实施现场审核过程中，审核小组每天都要进行内部讨论，由审核组长主持，全体审核员参加，对本次审核的结构进行全面的评定，确定现场审核中发现的哪些不符合情况需写成不符合项报告及其严重程度。