环境管理体系审核程序按顺序大体上分为三个部分，既准备审核、实施审核、审核报告，此外一般还需一个跟踪复审的过程。
准备审核中需任命审核组长以启动审核，然后确定审核的范围、资源，对文件的预审，确定出组织的危险区域及有关环境因素的信息，将其纳入审核计划，审核组进行分工，将审核任务分配给每个审核员去完成，并在审核过程中形成工作文件。
实施审核时与受审核方举行正式的首次会议，介绍审核组成员，讨论审核范围、目的、计划，介绍审核方法，了解必要的信息等；此后开始收集证据满足审核目的的要求；记录审核发现；与受审核方进行末次会议时将审核发现提供给受审核方，使双方对发现达成共识。
审核报告阶段，按照审核报告内容及编写要求提交审核报告一份，按要求进行分发。
审核结束后，针对不符合项，委托方应准备行动计划，解决不符合事项，行动计划的实施通常被称作后续行动，它并不是审核的一部分。行动计划和后续行动的责任在于受审核方。
环境管理体系审核的依据：
①ISO14001
ISO14001是环境管理体系的规范性标准，作为审核的依据之一是必须的。因此要建立环境管理体系，必须以ISO14001作为审核依据。
②环境管理手册、程序文件及其它相关环境管理体系文件
环境管理手册和程序文件是组织根据ISO14001的要求编制的。它对组织的环境管理体系的实施提供强制性指令和具体操作运行指导。一旦发布就是组织的内部环境管理法规。
③适用于组织的环境法律、法规和其它要求
ISO14001强调对环境法律、法规遵守的承诺，因此适用于组织的法律、法规和其它要求也必须作为审核依据之一，因为它在环境管理上占有十分重要的地位。这里的其它要求可以是相关的各种标准，排污许可证上的要求或相关方提出的要求等。