首先，两套标准都是ISO组织制订的针对管理方面的标准，都是国际贸易中消除贸易壁垒的有效手段。其次，两套标准的要素有相同或相似之处。
ISO14000ISO9000
环境方针质量方针
组织结构和职责职责与权限
人员环境培训人员质量培训
环境信息交流质量信息交流
环境文件控制质量文件控制
应急准备和响应（部分与消防安全的要求相同）
不符合、纠正和预防措施不符合、纠正和预防措施
环境记录质量记录
内部审核内部审核
管理评审管理评审
再次，两套标准最大的区别在于面向的对象不同，ISO9000标准是对顾客承诺，ISO14000标准是对政府、社会和众多相关方（包括股东、贷款方、保险公司等等）；ISO9000标准缺乏行之有效的外部监督机制，而实施ISO14000标准的同时，就要接受政府、执法当局、社会公众和各相关方的监督。
最后，在体系中，两套标准部分内容和体系的思路上有着质的不同，包括环境因素识别、重要环境因素评价与控制，适用环境法律、法规的识别、获取、遵循状况评价和跟踪最新法规，环境目标指标方案的制定和实施完成，以期达到预防污染、节能降耗、提高资源能源利用率，最终达到环境行为的持续改进的目的。