二）文件化体系的整合——文件整合
（1）关于管理手册
管理手册的主要内容是描述有关标准要求和组织机构与职责划分，由于ISO9001-2000标准的结构形式和条款编号，与ISO14001-1996标准和OHSAS-18001标准的结构形式和条款编号相差很远，因此，要编写三个管理体系统一的管理手册有一定的困难。与些相反，环境和职业健康安全管理体系的标准无论结构、形式、条款名称、要素编号都非常相似，完全有可能进行整合编写，故组织通常更容易将“环境和安全管理手册”合并为一册，而另册编写其“质量手册”。
如果组织希望将三个管理体系的手册合并，则通常要以ISO9001-2000版标准为基本模式，按照PDCA循环的规律和标准各个条款的功能，插入环境和职业健康安全管理体系标准的相应要求。但是，这样做一定要避免在“三合一”管理手册的描述中缺失有关ISO14001和OHSAS18001标准的有关要求
（2）关于程序文件
与ISO9000-1994族质量管理体系标准相比，ISO9001-2000版标准更容易与环境和职业健康安全管理体系进行程序文件的整合。由于经过修订的2000版质量管理体系标准，比原有1994版标准更加强调PDCA循环，而其明确规定需要编写程序文件的条款已经减少到了6个，使不同性质的组织的质量管理具有更加广阔的自主空间，也为与环境和职业健康安全管理体系的兼容提供了更大的可能性。
根据质量、环境、职业健康安全管理体系三个标准的要求，可以考虑编写一套“质量、环境、职业健康安全管理程序文件”——管理体系程序文件。也就是将三个标准中规定需要建立程序文件的条款进行整合（大约有11个条款），编写出一套“三合一”程序文件。其中环境与职业健康安全管理体系的大部分要素（约75%）可以合写一个程序文件，包括：法律与其他要求（4.3.2）、目标（指标）和管理方案（4.3.3和4.3.4）、培训、意识与能力（4.4.2）、协商与沟通（4.4.3）、文件和资料控制（4.4.5）、运行控制（4.4.6）、应急准备与响应（4.4.7）、记录和记录管理（4.5.3）、审核（4.5.4）等。不太适宜合并编写的要素主要是：环境因素与危险源辩识、风险评价和风险控制策划（4.3.1）;监测与绩效测量与监视（4.5.1）；不符合、纠正与预防措施和事故、事件、不符合纠正和预防措施（4.5.2）三个要素。由于运行控制（4.4.6）和应急准备与响应（4.4.7）本身又是由多个程序文件组成的，基本上有30%的内容可以合写，因此，环境与职业健康安全管理体系的程序文件合写比例在50%左右。