光学显微摄影的常见方法，显微镜是一种观察微观事物的重要光学仪器。利用它的高倍放大作用可以观察到肉眼直接看不到的信息。显微摄影又可以把显微镜观察到的现象记录下来，供人们更广泛的研究。显微镜分为光学显微镜和非光学显微镜两类。(非光学显微镜有电子显微镜、超声波显微镜等)普通光学显微摄影装置就是将普通相机与显微镜组合在一起，利用相机记录本来由人眼观察的显微图像。
(1)光学显微摄影的用光方法拍摄显微照片，要求有明亮、均匀、无反光的照明条件，其照明方法可分为两类，即透射照明和反射照明(落射光照明)透射光照明是指从光源射出的光线从标本的下面透过标本进入物镜。而落射照明是指光线从正面投射到标本的正面，物镜接受的光是从标本反射来的光。透射光照明通常按照克列尔(Kohler)照明法调节光路便可以获得优质效果。使用时调节光源光阑和距离使照明光束投射到反光镜中央。关闭聚光镜光阑，移动光源透镜，使灯丝清晰地在聚光镜的孔径光阑平面成像。先将样品聚焦，随后从载物台上除去标本，通过目镜对焦，上下移动对焦器，直到标本平面上出现光源光阑的像。聚光器光阑通常收缩至0.6～0.7厘米(直径)，与光源光阑配合，除去光斑得到鲜明的像。在高倍显微摄影时，要一面收缩聚光器光阑，一面观察，使出现的灯丝像达到最大，大约使光源距离距显微镜达40-50cm为好。落射光照明主要用于拍摄不透明的标本，如皮肤、小生物、植物果实表面等。拍出的像有立体感。落射光与物镜之间的角度越小越好，现代显微摄影装置的落射光大多与物镜合轴。在没有专业设备的情况下可以用斜射照明，在对应面加反光屏，或用另一只灯做辅助光，也可以使用环形闪光灯。
(2)光学显微摄影中滤色镜的应用滤色片几乎在拍摄什么样的标本都有用场。例如：用滤色片校正反差突出重点光学显微摄影往往要突出重点，这就要使用适当的滤色镜加强反差，强调需要突出的重点结构，而减弱其非重点部分。使用标本染色补色的滤色镜可以增强标本反差，比如苏木精染出的色标本中用绿滤色镜，就可增强反差。两种颜色的结构体现：如果想使标本中两种以上的颜色都清楚地呈现在画面上，如红、蓝两种颜色，可以采取两次曝光的方法，先用红滤色镜，再用蓝滤色镜各曝一次光，就可以清楚地体现两种颜色的结构。