要对受控环境进行长期、持续、有效控制，还必须对整个系统进行控制，即除了对室内控制外，还要对区域、对空调系统控制。只要在系统中存在微生物污染的隐患，即使能保证一万次合格，也不能消除万一出现的污染。所以只有消除系统中存在的微生物污染隐患，或任何可能出现的风险，才能保证从根本上彻底消除微生物污染。
空调系统发生微生物污染，通常存在以下3个部分组成的关系链：存在微生物的积累;引发微生物的繁殖;使微生物从积存地散播给易感人群的传播途径。
要对受控环境实施长期、持续、有效控制，应该采用如下相应对策：阻止微生物进入空调通风系统;万一进入，不使微生物在系统中繁殖;万一繁殖，切除微生物通过系统传播的途径。阻止微生物进入机组或系统，是生物净化的一个重要原则，也是全过程控制的一个起点。而空气过滤器，恰恰是阻止微生物进入系统的最有效措施。进入系统通常是两个口，新风口和回风口。我们通常会重视进入新风的品质，关注新风口的粗效过滤器，但如前所述，新风中几乎没有致病菌。因此，我们更应重视回风口的过滤器的作用。
国标《综合医院建筑设计规范》规定，在医院空调系统回风口，应设置低阻中效空气过滤器，意在阻止致病菌进入系统。不让微生物在系统中繁殖，不是靠消毒杀死微生物，而是通过不让系统积尘、积水，不使用易滋菌发霉材料等措施，来消除微生物生存的条件。并且，对区域与系统采用综合措施，切断系统传播途径，例如在系统中设置空气过滤器，各功能区域独立分区，采用独立系统，并注意各空调分区能互相封闭，以避免停机时发生空气途径交叉感染。
在有洁净度要求的房间、严重污染的房间，还应采取使之成为一个单独系统等措施。可见，生物洁净技术对受控环境实施了一种长期、持续、有效控制。室内微生物环境控制，应重视降低微生物污染负荷我们应清醒地认识到，暖通空调是一项耗能的环境控制手段，控制能力有限。
暖通空调的确有对室内环境控制的有利作用，但同时还会产生许多负面影响。减少负荷、降低暖通空调系统的容量，一直是我们的重要任务。这样不仅能减少投资与降低运行费用，而且更是创造良好室内环境的一条重要思路。千万不要夸大暖通空调的作用，做一些暖通空调力不从心的工作，尤其是对生物净化来说，更是如此。例如，对于热环境控制，常常会关注改善围护结构、减少太阳辐射等建筑措施，来减少热负荷。如果是全玻璃建筑，会将这部分负荷加在暖通空调上，即使能达到所要求的温湿度控制参数，也难以保证室内人员舒适与健康。再如，工业通风，也是一直注重改进工艺、隔离或控制污染源等措施，来减少污染负荷，以更短时间、更近距离排除污染，而不是等污染扩散后，再用更大风量去全面通风，这样不但效果更差，还会导致室内风速过高、噪声和能耗过大等。因此，对于室内微生物环境控制，更应该重视降低生物污染负荷，消除或减少传播可能性。这对有效降低空调控制空气途径传播的要求与范围，至关重要。