洁净工作台工作原理：洁净工作台通过风机将空气吸入预过滤器，经由静压箱进入高效过滤器过滤，将过滤后的空气以垂直或水平气流的状态送出，使洁净工作台操作区域呈高度洁净状态，最高可达到百级洁净度，保证科研、生产对环境洁净度的要求。
洁净工作台由三相电机或两相电机作鼓风动力，功率145～400W左右，将洁净工作台空气通过由特制的微孔泡沫塑料片层叠合组成的"超级滤清器"后吹送出来，形成连续不断的无尘无菌的超净空气层流，即所谓“高效的特殊空气”，它除去了大于0.3μm的尘埃、真菌和细菌孢子等等。洁净工作台所产生的气流的流速为24～30m/min，这已足够防止附近空气可能袭扰而引起的污染，这样的流速也不会妨碍采用酒精灯或本生灯对器械等的灼烧消毒。工作人员就在洁净工作台这样的无菌、无尘条件下操作，保持无菌、无尘材料在操作过程中不受污染。
部分洁净工作台电源采用三相四线制(工作电压为380V)，其中有一零线，连通机器外壳，应接牢在地线上，另外三线都是相线，工作电压是380V。三线接入电路中有一定的顺序，如线头接错了，风机会反转，这时声音正常或稍不正常，洁净工作台正面无风(可用酒精灯火焰观察动静，不宜久试)，应及时切断电源，只要将其中任何两相的线头交换一下位置再接上，就可解决。三相线如只接入两相，或三相中有一相接触不良，则机器声音很不正常，应立即切断洁净工作台电源仔细检修，否则会烧毁电机。这些常识应在开始使用洁净工作台时就向工作人员讲解清楚，免除不应造成的事故与损失。
如果洁净工作台是两相三钱制(工作电压为220V)，那就简单得多了，插上电源就可以用，没有太多注意问题。所以现在中小型洁净工作台均为两相三线制。
老式洁净工作台进风口多设计在背面或正面的下方;现在多改为背面或顶部，这样能保证比较理想的气源。洁净工作台进风口金属网罩内有一普通泡沫塑料片或无纺布，用以阻拦大颗粒尘埃，应常检查、拆洗，如发现泡沫塑料老化，要及时更换。除进风口以外，如有漏气孔隙，应当堵严，如贴胶布，塞棉花，贴胶水纸等。洁净工作台正面的金属网罩内是超级滤清器，超级滤清器也可更换，如因使用年久，尘粒堵塞，风速减小，不能保证无菌操作时，则可换上新的。
洁净工作台使用寿命的长短与空气的洁净程度有关。在温带地区洁净工作台可在一般实验室使用，然而在热带或亚热带地区，由于大气中含有高量的花粉，或多粉尘的地区，洁净工作台则宜放在较好的有双道门的室内使用。任何情况下不应将洁净工作台的进风罩对着开敞的门或窗，以免影响滤清器的使用寿命。