气相色谱操作条件的是否合适，常常决定分离的目的是否能够达到，而选择试验条件的主要依据是范氏方程和分离度与各种色谱参数的关系式。
1、色谱柱的选择
色谱柱的选择包括固定相与柱长两方面，此处仅介绍柱长的选择。从分离度与柱长关系的关系可知，柱长加长，分离度提高，但分析时间也随之延长，峰宽加大：权衡利弊，通常的选择填充柱的长度为0.5~6m。
2、柱温的选择
柱温的主要影响分配系数、容量因子以及组分在流动相和固定相中的扩散系数，从而影响分离度和分析时间。选择温柱的原则，一般是在使难分离物质对达到要求的分离度条件下，尽可能采用低温柱，其优点是可以增加固定相的选择性，降低组分在流动相中的纵向扩散，提高柱效，减少固定液的流失、延长柱寿命和降低检测器的本底。对于宽沸程样品，需采用程序升温法进行分离，即柱温按预先设定的程序随时间成线性或非线性增加，从而获得最佳的分离效果。
2、载气的选择
载气的种类主要影响峰展宽。柱压降和检测器的灵敏度。从范氏方程可知，当载气流速较低时，纵向扩散占主导地位，提高柱效，宜采用相对分子质量较大的氧气，如N2;当流速较高时，传质阻力项占主导地位，为提高柱效，宜采用低相对分子质量的载气如H2或He。
载气流速主要影响分离效率和分析时间。为获得高柱效，应选用最佳流速，但所需分析时间较长。为缩短分析时间，一般选择载气速度要高于最佳流速，此时柱效虽稍有下降，却节省了很多分析的时间。常用的载气速度流速为20~80ml.min-1。
考虑到对检测器灵敏度的影响，用热导检测器时，应选用H2或He做载气;用氢火焰离子化验检测器时，应选择N2做载气。
3.进样量得选择
进样量的多少直接影响谱带的初始宽度。因此，只要检测器的灵敏度足够高，进样量越少，越有利于得到良好的分离。一般情况下，柱越长，管径越粗，组分的容量因子越大，则允许的进样量越多。通常填充柱的进样量为：气体样品0.1~1ml;液体样品0.1~1ul,最大不超过4ul。此外，进样速度要快，进样时间要短，以减少纵向扩散，有利于以高柱效。
4.气化温度的选择
气化温度取决于样品的挥发性，沸点范围及进样量等因素。气化温度选择不当，会使柱效下降。通常气化室的温度选择为样品沸点或高于沸点，以保证样品能瞬间气化;但不要超过沸点50°C以上，以防止样品分解。对于一般的气相色谱分析，气化温度比柱温高10~5050°C即可。
以上总结的是气相色谱操作条件选择的基本原则，对于实际问题还要结合实际情况灵活运用。