第一次使用冷冻干燥机时，必须对仪器各部件进行彻底的清洁，不锈钢的部件使用乙醇进行清洗，有机玻璃使用生理盐水进行清洗。安瓿瓶用超声波清洗机进行清洗。
冷冻干燥之前必须要进行预冻，欲动需要准备低温冰箱，零下40摄氏度，或者是零下80摄氏度的低温冰箱，把准备干燥的物品置于低温冰箱或液氮中，一般需要四个小时左右，可以直接从外面进行观察到，物品完全冰冻结实后，才可进行冷冻干燥的实验，把物品迅速移动到冷冻干燥机托盘之内，以保证冷冻干燥效果。
主机与真空泵之间由绿色的真空管连接，连接处使用国际标准卡箍。这种卡箍为了有效防止空气的泄漏，在卡箍内特被设计了一只密封橡胶圈。在防止漏气的方法上.涂抹适量真空脂在橡胶圈上，再用卡箍卡紧，能使连接处更紧密的贴合在一起。如果没有卡紧卡箍，就会造成空气泄漏，导致在抽取真空的时候仪表盘显示数显值大于20pa，此时就应该检查真空泵以及冷冻干燥机玻璃罩的气密性。
冷冻干燥机主机的右侧板上设有两个电源插座，一个将真空泵的电源线连接上主机，再将第二个冷冻干燥机上的总电源插上电源。
真空泵运转前必须检查是否加入真空泵油，否则不能正常运行。油面不得低于油镜的中线，真空泵刚开始时使用时有比较强烈的抖动，慢慢的会变的平稳。
如果气密性不好，应该在冷阱上方的密封橡胶圈涂抹一些真空脂，将有机玻璃罩轻旋在橡胶圈上，在打开真空泵测试其气密性。以确保气封闭的完整。