村级财务管理处理财务关系的一项重要内容，是其在市场经济中赖以生存和发展的基础。随着我国经济的快速发展，村级财务管理环境也随之改变，但在这一过程中存在许多问题函待解决。村级要在市场经济中生存和发展，当务之急就是健全。
在我国，村级财务问题始终是农民关心的热点问题，但由于种种原因，使得村级财务管理制度问题突出；另外，随着我国农村税费改革的深入和党中央对“三农”问题的进一步关注，农村集体经济的快速发展，使得原来的村级财务管理制度的弊端日益显露，建立新的财务管理制度的要求也愈加强烈。
当前村级财务管理制度中主要存在以下具体问题：
主要表现在：
如财产物资等有账无物，有物无账，有总账没有明细账；对同一业务前后年度账目处理不一致；总账、明细账不一致；现金与存款不分。有的村部分财产早已卖掉或报废，但账面没作任何处理。不少村有帐无物，账实严重不符。个别村干部对自身要求不严，打着借用公物的幌子，实则占用集体资产长期不交，最终达到个人占有的目的。
主要表现在：
口说为凭，口头协议代替书面合同，书面合同少；合同要素不全，条款不明，权利义务不平等或其他不符合法定要求等等。
个别村主任、干部搞暗箱操作，不进行招标，有的不开“两委”会，少数人说了算，即使开了会，个别干部又擅自变更集体决定。
大部分工程的付款以领款凭证方式入账，农村已成为工程承包商逃税的“黑洞”；有的以其他费用支出直接冲抵承包款和租金，收支均不入账；有的收取后，私自保管挪用，长期不报账；有的由于集体收入少支出大，于是只好提前收缴承包款和租金，村集体资产被严重“透支”。
一些村主要干部擅自出借或自借资金，大量借款无法回笼，群众骂声不断；有的村集体房屋、设施被个别村民无偿占用，村干部或袖手旁观或有心无力。
由于金融部门“吸储”不正当竞争以及少数村干部和财务人员的私心作祟，集体存款多头开户，甚至采用个人名义存单存款，该问题在土地被征用的村，表现较突出。由于出纳素质良莠不齐，以及村主要干部直接“自收自支”等原因，致使账款不符，存款短缺。
一部分村在资金安排上没有量力而行，有的盲目上项目，造成严重亏损；有的开支无度，挥霍浪费，借机中饱私囊。
由此形成财务管理制度混乱。五是乡级财务支出预算约束不严，年初预算人大会通过的只到大项，无细项；具体执行时还是领导说了算。在执行上绕过人大监督。财政预算成了一纸空文。村级财务收支基本无预算。
大部分村没有完整的财务，部分村的条文很健全，但执行情况差，或干脆弃之不用，制度条文纯粹是应付检查，形同虚设。村级民主理财组织和公开制度没有建立，缺乏群众监督。大多数村会计兼任文书和出纳，既管钱又管帐，缺乏有效的内部监督机制。会计资料没有认真保管，鼠咬虫蛀，霉乱毁坏。有些村财会人员变动没有正常的帐目交接手续，或不交帐，有的甚至帐目丢失。还有些村村干部谁收钱谁花，收多收少干部之间不清楚，群众更是不明白，财务管理制度处于无人负责，谁都负责的混乱状态。民主理财形同虚设，设立民主理财制度的目的在于使农村财务管理制度工作置于群众的监督之下，控制不合理开支，缓解干部关系。
目前农村部分基层领导干部利用职权侵占集体资产、大吃大喝、奢侈浪费、乱摊派现象时有发生，加上暗箱操作，财务收支不透明，造成干群关系不融洽。农村财务管理制度thldl.org.cn问题也一直是农民群众投诉和上访的热点。
目前，我国乡村财会人员普遍存在着文化业务素质偏低的情况，绝大部分财会人员没有经过专业知
识由乡镇农经站负责。乡镇农经站是最后也是最有效的一道审核关口。但由于农经人员不熟悉，业务素质较弱，原则性和责任性欠强等原因，存在着重记账轻，只审凭证，不审开支合理与否等现象，使违反财务制度的票据凭条得以记账。他们人员又少，业务素质又不高，如无会计证上岗现象仍然存在，这必然造成会计业务操作不规范；管理经费无正常渠道，主要靠收取村级财务审计费和代理记账费来维持运转。使得中心只是将收支整理后分类记账、编报表，成了村里的记账员，财务管理制度职能严重弱化。由于村干更换频繁造成会计人员也更换频繁，会计人员交接不及时、不合规，造成离任几年后不交账也无法审核，村级无证上岗的会计就更多了，会计基础工作很不规范。