提高高等学校的办学水平，必须深化，从制度建设入手，深化教学改革、人事管理制度改革、后勤管理制度改革，实现办学水平的全方位提升。中国高等学校的特殊性，使其管理制度存在复杂性、多样性特征。由于缺乏系统的研究，在各项制度之间造成相互抵触和矛盾现象。为此，有必要从现代管理科学的角度加以研究，使管理制度形成一个完整的体系，并实现科学化、系统化。
《中华人民共和国高等教育法》第十一条明确规定：“高等学校应面向社会，自主办学，实行民主管理。”这表明，高等学校要自主确定管理机制，依法制定规章制度。为此，要遵循以下原则。
高等学校管理制度改革是对高等学校工作规律的反映，必须根据高等教育的类别和学校办学定位，进行科学准确的总体设计，形成科学指导思想。在此基础上构建整体框架，确定相应制度模式。
学校的类别不同，在规章制度的建设上一定具有不同的特色。社会环境和自然环境、经济条件和气候条件、学生来源和教师队伍等都是制定规章制度应该考虑的因素。
高等学校的工作，在运作上可以分成若干部门类别。在确定的管理制度改革框架下，按照部门的工作性质和规律，分类制定若干制度。
一是各个部门类别的管理制度改革要作到相互关联，既分工，又保持思路的一致性；二是部门之间的各项规章制度要相互协调，构成有机的整体。
学分制是以选课为前提、以学分为计量单位、以取得必要的学分为毕业和获得学位标准的富有弹性的教学管理制度。随着高等教育事业的飞速突进，管理模式必须向学分制的方向发展。
目前实行学年制的弊端日益显现，一是致使学生知识结构单一，不能适应市场对复合型人才的需要；二是不利于因材施教和学生个性化；三是教师被动地按授课，不利于教师潜力的发挥。实行学分制有利于优化学生的知识结构，有利于培养各种类型的人才，有利于因材施教、学生个性，有利于学生自主选择课程、教师、上课时间、学习进程，有利于充分调动学有专长、教有余力的教师的积极性，有利于学校教学资源的综合利用。实行学年学分制的目的不是为了使学生提前毕业，而是为了使学生能够进行自主的学习，突出学生学习的主体地位。
依据教育部《高等学校教学管理要点》精神和当前教学管理制度改革thldl.org.cn实际，在完成教学计划、教学评价、教学建设管理等制定工作的同时，要完成学分制实施细则、课程管理、考试管理、学籍管理等一系列与实行学分制相适应的教学管理制度建设，并以《教学管理文件汇编》形式下发，要求教师人手一册，使每一位教师了解教学工作的“法”，并在日常教学工作中自觉执行。
为了使新的教学计划体现时代对人才培养的要求，并把素质教育、创新教育的理念和以学生为主体、以教师为主导的思想体现在各教学环节中，新教学计划要按照一定模式构建课程结构体系，在优化学生知识结构、发展学生个性、因材施教等方面发挥作用，扩大学生学习自主权。
为配合学年学分制实施，教学管理部门要成立学生注册和选课管理中心，制定相应规章制度，统一管理学生的注册和选课，统一调度学校的教学资源，安排各类课程及等级考试，并负责对课程、教师和教学质量进行评估，以保证教学工作顺利进行。
学院党政一把手作为教学质量的第一责任人，主管教学的副院长作为直接责任人，要亲自抓教学质量。每学期要定期召开会议，专题研究教学。院长、主管教学的副院长每学期至少召开一次由教师、学生、有关部门和系领导参加的教学工作座谈会，听取意见和建议。建立系主任每月例会制度，并在年初组织召开全院性的教学工作会议，研究解决教学工作中存在的问题。系(部)主任作为系(部)教学质量的第一责任人，要亲自抓教学管理制度改革和建设，并建立系主任、教研室主任研究教学工作的每月例会制度，每学期召开一次专题研究教学的工作会议。坚持各级领导听课制度，并按照学院规定的听课任务，由教学管理部门进行检查并公布，接受广大教师监督，从制度建设人手，促进各级领导对教学工作的精力投入。
按本科院校教学：工作要求，依据《普通高等学校本科教学工作水平评估》，重新修订各系(部)教学工作质量评估指标体系。并以此为根据，对各系(部)年终进行教学工作综合评估。对没有达到教学工作合格评估要求的系(部)，系(部)其他工作在年度考核中不能参加评优，以加强对系(部)教学工作的质量管理，促使系(部)教学工作水平的不断提高。
为了加强教学质量监控，应加强教学督导。加强对教学质量与教学保障系统的监控与管理，使课程教学始终处于有效管理之中，降低教学事故发生率，维护正常教学秩序。
根据本院校科研工作管理要求，制定一系列科研管理文件，使科研工作管理有章可循、有法可依。
建立教研和科研项目中期检查制度，阶段性成果汇报制度和项目结项验收制度。特别是加强科研项目的研究过程和结项管理，保证科学研究取得实在的成果。
按国家级、省级、院级三级项目设立课题研究津贴。鼓励教师参加教研、科研课题立项工作，积极争取国家级和省级立项课题。