1、日常维护保养(1)防潮光学镜片就容易生霉、生雾。机械零件受潮后，容易生锈。显微镜箱内应放置1～2袋硅胶作干燥剂。(2)防尘光学元件表面落入灰尘，不仅影响光线通过，而且经光学系统放大后，会生成很大的污斑，影响观察。灰尘、砂粒落入机械部分，还会增加磨损，引起运动受阻，危害同样很大。注意保持显微镜的清洁。(3)防腐蚀显微镜不能和具有腐蚀性的化学试剂放在一起。如硫酸、盐酸、强碱等。(4)防热避免热胀冷缩引起镜片的开胶与脱落。因此，生物显微镜要放置在干燥阴凉、无尘、无腐蚀的地方。使用后，要立即擦拭干净，用防尘透气罩罩好或放在箱子内。当显微镜闲置时，用塑料罩盖好，并储放在干燥的地方防尘防霉。将物镜和目镜保存在干燥器之类的容器中，并防些干燥剂。
2、机械系统的维护保养滑动部位：定期涂些中性润滑脂油漆和塑料表面的清洁：顽固的污迹可以使用软性的清洁剂来清洗，建议使用硅布。塑料部分：用软布蘸水就可以清洗了。注意：不要使用有机溶剂(如酒精，乙醚，稀释剂等)。因为会腐蚀机械和油漆，造成损坏。
3、光学系统的维护保养透镜的清洁使用后用干净柔软的绸布轻轻擦拭目镜和物镜镜片。聚光镜和反光镜只要擦干净就可以了。有较顽固的污迹，可用长纤维脱脂棉或干净的细棉布蘸少些二甲笨或镜头清洗液(3份酒精∶1份乙醚)擦拭，然后用干净细软的绸布擦干或用吹风球吹干。注意：清洗液千万不能渗入到物镜镜片内部，否则会损坏物镜镜片。纯酒精和二甲苯容易燃烧，在将电源开关打开或关闭时要特别当心不要引燃这些液体。物镜和目镜的生霉生雾的处理办法准备30%无水乙醇+70%乙醚，将不同镜头单独分开放置干燥剂器皿中，最好用棉花棒，纱布，柔软的刷子等比较柔软的东西来擦拭油镜当时就要清洗。特别是100X的油镜，处理不当的话，前片容易浸油或开胶。目镜可以自己拆下来清洗，16X目镜注意别装反了，前片凹面在上。物镜不要随便拆下。注意：擦洗镜头时，不能过用力，以防止损伤镀膜层。一般2个月最好能集中保养一次。显微镜多时，各个镜头要标号以免弄错了搭配。
4、定期检查为了保持性能的稳定，建议做定期的检查，保养。综上所述，对于生物显微镜的维护保养，主要做到防尘、防潮、防热、防腐蚀。用后及时清洗擦拭干净，并定期在有关部位加注中性润滑油脂。对于一些结构复杂，装配精密的零部件，如果没有一定的专业知识，一定的技能和专用工具，就不能擅自拆装，以免损坏零部件。