流体方面
液体含有均匀分布细小气泡通常不影响正常测量，惟所测得体积流量是液体和气体两者之和时，由于气泡增大会使输出信号波动，若气泡大到流过电极遮盖整个电极表面，使电极信号回路瞬时断开，输出信号将产生更大波动。
两种或两种以上液体作管道混合工艺时，若两种液体电导率(或各自与电极章电位)有差异，在混合未均匀前即进入流量传感器进行流量测量，输出信号亦会产生波动。
低频(50/16～50/6Hz)矩形励磁电磁流量计测量液体中含有固体超过一定含量时将产生浆液噪声，输出信号亦会有一定程度波动。
电极材质与被测介质选配不善，产生钝化或氧化等化学作用，电极表面形成绝缘膜，以及电化学和极化现象等，均会妨碍正常测量。
管道系统和安装等方面
通常是电磁流量计传感器安装位置不正确引起的故障，常见的有将流量传感器安装在易积聚潴留气体的管网高点;流量传感器后背压，液体径直排入大气，形成其测量管内非满管;装在自上向下的垂直管道上，可能出现排空等原因。
环境方面
主要是管道杂散电流干扰，空间电磁波干扰，大电机磁场干扰等。管道杂散电流干扰通常采用取良好单独接地保护可获得满意测量，但如遇管道有强杂散电流(如电解车间管道)亦不一定能克服，须采取流量传感器与管道绝缘的措施。空间电磁波干扰一般经信号电缆引入，通常采用单层屏蔽予以保护，但也曾遇到屏蔽保护还不能克服。