纸色谱法是属于分配色谱的一种，通常用特制的滤纸如新华一号滤纸作为固定相（水的支持剂），含有一定比例的水的有机溶剂（展开相）作流动相，应用于多官能团或高极性化合物如糖或氨基酸的分离、鉴定。
Rf比移值是一个特定常数。Rf值随被分离化合物的结构、固定相与流动相的性质、温度等因素不同而异。当温度、滤纸等实验条件固定时，它是一个常数。这也就是用纸色谱进行定性分析的依据。
用标准氨基酸作出纸色谱和Rf值，与在相同条件下作出的混合物的纸色谱和Rf相对照，以达到分离、鉴定氨基酸的目的。当然，在实际应用中，纸上层析的操作要复杂得多。尤其是Rf值相接近的氨基酸需要用两向纸上层析才能达到分离鉴定的目的。
氨基酸经纸上层析后，常用茚三酮显色剂显色。必须注意！指印含有一定量的氨基酸，在本实验方法中足以检出（本法可以检出以微克计的痕迹量）。