水库水质超标指标主要是高锰酸盐指数和BOD5;总汞、铅、镉、挥发酚、砷、氰化物，六价铬等七种污染物未检出，其他污染指标有检出但未超标。
在被调查的53个水库中，有34个水库水质达到地面水环境保护功能区水质要求，其余水库水质不能满足要求水质类别(见表2)。同河流一样，海岛水库主要受有机污染物影响，反映在高锰酸盐指数超标。相比较而言，南部岛屿的水库水质较北部要好，北部诸岛的水库超标较严重，污染物超标倍数大。值得注意的是这些被调查的水库基本上都是集中式生活饮用水的主要水源地。
表1舟山海岛河流水质评价
岛屿河流功能区达标水功能区不达标河流环境保护功能区
水质个数个数超标污染物(或污染指标)最大超标倍数
舟山岛Ⅱ5Ⅲ6Ⅴ21304高锰酸盐指数0.343高锰酸盐指数、BOD、非离子氨2.502高锰酸盐指数、BOD1.58
舟山南部岛屿Ⅱ1Ⅲ2001高锰酸盐指数0.712高锰酸盐指数、BOD1.42
舟山北部岛屿Ⅱ2Ⅲ1Ⅴ10002高锰酸盐指数、BOD1.931高锰酸盐指数0.091高锰酸盐指数、BOD、非离子氨3.39
4海岛水资源环境保护对策
舟山群岛紧缺的淡水资源，由于受污染影响，供需矛盾有可能因此而进一步加剧。显然，在开发利用有限水资源的同时，把保护水质和开发水量放在同等重要的位置给予考虑，已刻不容缓。为保护和充分利用海岛淡水资源，建议采取以下对策措施。
表2舟山海岛水库水质评价
岛屿水库功能区达标水功能区不达标水库环境保护功能区
水质个数个数超标污染物(或污染指标)最大超标倍数
舟山岛舟山南部岛屿舟山北部岛屿Ⅱ16Ⅱ18Ⅱ19141462高锰酸盐指数、BOD50.104高锰酸盐指数0.2613高锰酸指数、BOD5、非离子氨2.30
4.1将保护水源、提高水质纳入水资源开发利用规划
各级政府在制定当地水资源开发利用规划时，重视水资源的质量，将水源保护和提高水质作为水资源开发和利用规划的重要内容，要制订水质保护目标和污染防治措施。
4.2控制和治理污染源
要扩大现有淡水资源的利用率，首先要改善水质，其根本出路在于控制和治理污染源。
对于排污入河的工业污染源，可以治理的应优先安排治理资金，限期治理;目前技术力量达不到治理要求的，实行关、停、并、转、迁。由于海岛河流对污染物的稀释自净能力极其有限，有污染物排入的河道，无一不受污染。为此，今后在审批新、扩、改项目时，其污染物不得排入(包括直接间接)淡水水域。
结合环境综合整治，逐步杜绝生活污水、垃圾、粪便排入河道的现象。
4.3饮用水水源污染防治
饮用水质量的好坏是体现人民生活水平高低的一个重要标志，它不仅直接关系人们当前的身体健康，而且饮用含有某些有害物质的水，在人体内蓄积后甚至可以危及子孙后代。
4.3.1科学、合理开发饮用水源
从舟山市地面水质量分析，水质污染程度有逐年增加趋势。各级政府在规划、开发饮用水资源时，首先应作好水源地的水质评价，使水质能满足饮用水要求。
4.3.2制订饮用水源保护条例
根据《中华人民共和国水污染防治法》和《饮用水水源保护区污染防治管理规定》，各级政府应制订和颁布饮用水水源保护污染防治管理条例。
4.3.3建立有效的水源保护区监督机构和管理制度
市及各县(区)人民政府的环境保护部门会同水利、卫生、城建、矿管等有关部门作好所辖地区集中式生活饮用水水源保护区的统一管理工作，成立专门机构监督和管理饮用水保护区。
4.3.4积极进行水源地综合治理
在饮用水源保护区范围内，不准新建、扩建和改建向保护区排放污染物并引起水域污染的一切建设项目。向一级保护区水域排污的排放口必须拆除;向二级保护区水域排污单位，应削减污染物排放量并必须经环保部门和水行政主管部门同意，取得排污许可证;准保护区范围内的一切污染源，必须达标排放并经环保部门同意，取得排污许可证。
在饮用水源一、二级保护区应控制使用高毒、高残留农药，保护区内的农田转为经营无害化农业或弃农还林。位于饮用水库上游的畜牧场、养鸡场等，应停办或搬迁。要疏浚河道，以利增大蓄水能力，提高环境质量。
应控制饮用水库上游居民居住区规模，减轻生活污染源对水库的影响。翻水入库的饮用水库，应根据水质状况，控制翻水量，使水质符合规定目标限值。
4.4充分发挥水资源的效能，提高水资源重复利用率
4.4.1生活饮用水和工业用水分流
生活饮用水和工业用水合流集中供水，其弊端日趋明显。一方面大量的优质水被降级使用，另一方面人民生活不能保证喝到符合质量要求的清洁水。而实现分流供水，能做到“量材使用”，充分发挥不同水质类型水资源的功能。为此建议，规划市镇供水时，在可行性论证的基础上逐步实行生活饮用水和工业用水分流供应的方案。
4.4.2开发中水道系统
中水特指以城市污水、建设小区排水或单幢建筑物排水为水源，经适当处理达到一定水质标准后，再经专用供水系统输送和分配给工业、市政生活杂用的非饮用水。
利用中水可以有效利用和节约有限的淡水资源，据不同类型居住区的统计，设置中水。