加拿大联邦层面主要负责食品安全检验检疫的机构有加拿大卫生部、食品检验局。
卫生部负责相关政策和法律法规的制定
食品检验局负责实施这些政策和法律法规，具体主要负责动物、动物基因产品和动物制品的进口检验和控制，以及评估检查植物、植物制品的进口，并且对采取措施进行食品的卫生安全方面的预防和应对。
地方政府的食品安全检验部门主要负责提供在自己管辖权范围内、产品本地销售的小食品企业的检验。