委员会条例(EC)No1881/2006，设定食品中某些污染物的最高含量中规定了食品中棒曲霉素的最大限量值。
欧盟食品中棒曲霉素的限量标准具体如下：
食品
最大残留限量（ug/kg）
水果汁、浓缩水果汁和水果甘露
50
含酒精饮料、苹果酒、由苹果制成的或包括苹果汁的其他发酵饮料
50
直接供人类消费的固体苹果产品，包括香露苹果、苹果泥。
但不包括：供婴幼儿食用的苹果汁和固体苹果产品（包括香露苹果、苹果泥）；婴幼儿食品（不包括供婴幼儿食用的加工谷物制品）
25
供婴幼儿食用的苹果汁和固体苹果产品，包括香露苹果、苹果泥
10.0
婴幼儿食品，不包括供婴幼儿食用的加工谷物制品
10.0
委员会条例(EC)No401/2006，制定采样方法和分析方法以官方控制食品中毒枝菌素含量中规定了食品中毒枝菌素包括棒曲霉素的取样和分析方法。
2003年8月，欧盟发布委员会建议2003/598/EC，规定如何预防和降低苹果汁和其他饮料中苹果汁成分中的棒曲霉素污染物。