欧盟的食品政策趋向于采取更加积极灵活而且统一综合的工具来保证高水平的人类健康和消费者保护。其中主要原则包括五个方面：食品安全必须考虑整个食品链；所有食品生产与经营者必须对食品安全负责；产品必须在所有食品链环节中具有可追溯性；风险分析是食品安全政策的基础；消费者有权从公共机构获取准确的食品安全信息。
1.综合统一原则
贯穿欧盟整个食品安全战略的首要指导性原则是食品安全政策必须建立在综合统一的方法基础上，也就是贯穿整个食物链(从农田到餐桌)，包括所有食品、各成员国之间、欧盟内部和欧盟以外的其他国家地区，国际和欧盟决策论坛上政策制定的所有环节。通过建立一个独立的欧洲食品安全权威机构，采取科学建议、数据采集和分析，加强协调和管理，提高透明的消费者信息等食品安全重要措施，最终形成严密的整体来达到食品安全管理一体化。
2.责任明确原则
食物链中所有相关利益者都要承担自己相应的责任。饲料生产者、农民和农产品加工者拥有对食品安全的首要责任；政府当局通过对国家监督和控制系统的运作来检查和执行其职责；委员会对政府当局的能力进行评估，运用可利用的最先进的科学来发展食品安全措施，通过审查和检验促使国家监督和控制系统达到更高的水平；消费者对食品的妥善保管、处理与烹饪负责。通过这种方式使涵盖了“从农场到餐桌”整个食品链所有方面的政策，能够系统和连贯地履行。
3.可追溯原则
成功的食品安全政策需要做到饲料和食品以及它们的配料的溯源性。通过引入恰当的程序来推动这一溯源性，一旦出现对消费者健康有损害的危险时，饲料和食品行业有责任采用有效的程序从市场上回收那些饲料和食品。食品加工者应对原材料和配料的供应商做详细的记录，有利于识别问题的原因。
4.透明原则
食品安全管理必须发展成一种透明行为。消费者对供应食品的质量与安全的信心是建立在对食品控制运作和行动的有效性和整体性运作的能力之上的。为了保证公民基本的知情权，必须强调政策制定过程的透明性。欧洲食品安全权威机构不仅要迅速地公开权威机构的研究结果和建议，而且还要尽可能公开获取这些研究结果和建议的过程。此外，权威机构的详细工作计划也能被公众广泛获取。管理委员会举行的会议也允许公众参加，并邀请消费者代表或其他感兴趣的组织来观察管理局的一些活动，使公众可以广泛获取详尽的信息。
5.风险分析原则
食品安全政策应以风险分析为基础，建立在风险评估、风险管理和风险交流等三个要素的应用之上。风险评估是对所有食品的危险因素进行系统、客观的评估，应用科学手段，研究危害因素的特征，并对它们影响的范围、涉及的人群和危害程度进行分析；风险管理措施的评估包括确定现有的管理选项、选择最佳的管理选项、确定最终的管理措施等；监控和评价指的是对实施措施的有效性进行评估，以及在必要时对风险管理和评估进行审查。风险交流就是组织相关利益者对与食品及相关问题的风险的知识、态度、评价、实践、理解进行信息交流。