欧盟食品安全快速预警系统由欧盟委员会、欧盟食品安全管理局和各成员国组成。一旦发现来自成员国或者第三方国家的食品与饲料可能会对人体健康产生危害，而该国没有能力完全控制风险时，欧盟委员会将启动快速预警系统，并采取终止或限定问题食品的销售、使用等紧急控制措施。成员国获取预警信息后，会采取相应的措施，并将危害情况通知公众。预警系统的启动取决于委员会对具体情况的评估结果，成员国也可建议委员会就某种危害启动预警系统。
欧盟食品安全快速预警系统的通报是借助于欧盟委员会引入的交流与信息资源管理中心完成的。其具体的运转程序是：系统成员的快速预警系统的国家联系点将发现的有缺陷食品的通报上传到只有欧洲自由贸易联盟监督局可读的数据库。监督局通过电子邮件接收上传的信息，并根据特定的标准，决定信息进一步传播的程度。由欧洲自由贸易联盟监督局负责与欧盟委员会快速预警系统工作组进行联系，通知他们该信息是否是预警通报。
为避免所发现的问题再度出现，欧盟食品和饲料快速预警系统还设立了第三国特殊保障机制，将发现的问题反馈给原产国。除通报外，欧盟委员会出具信函，由欧洲自由贸易联盟监督局转发到欧洲自由贸易联盟国快速预警系统的国家联系点，将相关信息反馈给那些在食品领域发生问题的国家。
欧盟食品安全快速预警系统信息传输流程（Flow-ChartForTransmissionOfInformation）