美国食品安全的司法部门是美国司法部（U.S.DepartmentofJustice，DOJ），美国司法部(DOJ)可以对违背美国法律、法规要求的企业或个人提起诉讼，相关食品安全监管部门可以根据法庭裁决对尚未上市的不安全食品进行没收查处。在美国食品安全系统中，当个人或组织对行政管理机构的某些决定有异议时，可以向法庭投诉该机构，包括已经征求过公众意见的最终法规。如果法庭发现行政当局没有满足程序法要求、或缺乏充足的理由，就可以推翻行政决定。相反，如果程序合法，理由充足，就可通过法的力量推动行政决定的贯彻实施。
美国司法系统在制定法规过程中起关键作用，它监督管理机构的行为是否符合法律和程序要求。法官或专门小组独立地监督检查行政管理机构的全部工作记录，详细地了解他们做了什么，为什么这样做。如果法院发现行政管理机构没有按照法规要求去做，或他们的行为没有理论根据，司法系统可以推翻行政管理机构的工作结论。司法系统既是公民参与权利的保障，也是行政当局实施行政法规的后盾。