1.卫生部
FDA是最早以保护消费者为主要职能的联邦机构之一，FDA在食品安全监管中的具体职能是：检查食品生产厂家和仓库，采集分析样品，确定是否受污染；在食品进入市场之前检查食品添加剂和色素的安全性；监管动物饲料的安全性；制定指导性作业规程、法规、准则和法律解释，并协助各州贯彻实施；监管牛奶、贝壳类海鲜和食品零售业(如饭店和杂货店)；制定各类食品加工厂卫生标准；与外国政府合作确保进口食品的安全；进行食品安全研究和宣传教育。FDA的具体监管范围是除肉类、家禽(由农业部管)之外的其他食品，包括瓶装水和酒精含量低于7％的葡萄酒饮料等其职能是保护消费者免受掺杂使假食品、不安全食品以及标有欺诈性标签食品的侵害。
CDC在食品安全监管中的具体职能是：与其它有关单位一起调研食源性疾病的病源；管理全国食源性疾病监察系统，设计和部署食源性疾病快速电子报告系统。与其它机构一起分析食品疾病的发病率和趋势．研发能使地方各级机构快速识别食源性病病源的先进技术，制定和宣传预防食品传染疾病的公共卫生政策；进行食品传染病预防工作的研究；训练各级的食品安全监管人员。其主要监督管理手段包括：与地方、州及联邦有关部门合作，调查突发性重大食源性疾病；建立并维护全国范围内的食源性疾病监测网络；参与制订预防食源性疾病的公共卫生政策；开展预防食源性疾病的相关研究；组织对各级食品安全管理人员进行培训。
2.农业部
FSIS是十分重要的食品安全管理部门，其监管范围为国内生产和进口肉类、禽类、蛋类及其相关加工制品。具体职责是：制定肉类、禽类加工厂的卫生、加工、包装等标准；评估畜禽产品消费对人类健康影响；与农业部市场营销局共同监管蛋类产品；抽样检验监管食品，看是否含有细菌、化学污染物、传染病菌及毒性物质；在屠宰前后检查畜禽有否染有疾病，检查肉禽工厂是否达到规定标准；检查确认所有向美国出口的肉禽加工厂是否符合美国相关标准。其主要监督管理手段包括：在动物屠宰前后进行检疫；对动物屠宰厂及加工点进行检查：抽样分析食品中微生物和化学毒性物质含量；制订食品生产加工过程中所用的食品添加剂和其它物质的使用标准；监督回收存在安全问题的肉类和家禽类相关产品；支持有关肉类和家禽类相关产品安全性研究；组织对企业和消费者食品安全加工的教育培训。
APHIS根据相关法律对动植物进行安全检疫，其在美国食品安全机构网中的主要作用是使植物和动物免受病虫害和疾病的侵袭。
NAL负责食品安全的资料库和信息库建设(包括软件、视听材料及辅导材料等)。
国家科研、教育合作署主要职责是与美国各大学合作，制定以农民和消费者为对象的食品安全研究教育计划。
3.环境保护署
EPA主要职责是防止农药等对环境和公众健康产生不良影响，环保署对食品中农药的残留和农药对环境的影响都建立了相应的限量标准。环保署还负责饮用水安全管理，防止水污染发生，并与食品药品管理局(FDA)和食品安全检验局(FSIS)一起监督管理食品加工业用水的安全卫生。环保署主要负责对饮用水进行监督管理。其主要监督管理手段包括：制订饮用水安全标准；对毒性物质和废物进行环境和食物链监督管理；协助州政府监测饮用水质量并预防饮用水污染；制订农药残留量最高限度，并发布农药安全使用的相关法规。
4.商业部
美国商业部下属的国家海洋与大气管理局(NOAA)主要负责对鱼类及海产品进行监督管理。其主要监督管理手段包括：采取有偿服务方式对海产品进行监督检查，检查捕鱼设施、海产品加工厂及零售点是否符合联邦卫生标准，并颁发检查证书。
5.财政部
美国财政部下属的酒、烟、武器与爆炸物管理局(ATF)主要负责对酒精浓度超过7％的酒类产品进行监督管理。其主要监督管理手段包括：保证酒类产品的生产和销售符合食品安全相关法律、法规要求；负责调查酒类产品掺假案件，有时和食品药品管理局(FDA)一起办案。
美国海关(U.S.CustomsService)负责对所有进口食品进行监督管理，其主要职责是配合其它政府机构，保证所有进出口食品符合美国相关法律、法规的要求。
6.州和地区政府部门
美国各州及地方政府部门主要负责对管辖区内所有食品的监督管理。其主要监督管理手段包括：
与FDA等其它联邦机构合作，确保管辖区内上市的食品符合食品安全标准；
对管辖区内餐馆、蔬菜店、食品加工厂、奶牛饲养及牛奶加工厂(场)等进行检查；
责令管辖区内停止生产或销售不安全食品。