美国负责食品检测的主要职能部门是美国农业部下属的食品安全检疫局（FSIS）和食品药品监督管理局（FDA）。
美国农业部的食品安全检疫局（FSIS）主要负责动物性食品的检验。检验对象为食用肉、家禽肉和蛋加工品。食用肉包括牛肉、羊肉、猪肉、山羊肉、马肉、骡肉及其他马属动物的肉，以及含这些肉3%以上的加工品。家禽肉包括鸡肉、火鸡肉、鸭肉、鹅肉、珍珠鸡肉以及含这些肉2%以上的加工品。具体职责是：制定肉类、禽类加工厂的卫生、加工、包装等标准；评估畜禽产品消费对人类健康影响；与农业部市场营销局共同监管蛋类产品；抽样检验监管食品，看是否含有细菌、化学污染物、传染病菌及毒性物质；在屠宰前后检查畜禽有否染有疾病，检查肉禽工厂是否达到规定标准；检查确认所有向美国出口的肉禽加工厂是否符合美国相关标准。其主要监督管理手段包括：在动物屠宰前后进行检疫；对动物屠宰厂及加工点进行检查：抽样分析食品中微生物和化学毒性物质含量；制订食品生产加工过程中所用的食品添加剂和其它物质的使用标准；监督回收存在安全问题的肉类和家禽类相关产品；支持有关肉类和家禽类相关产品安全性研究。
食品药品监督管理局（FDA）管理的业务较广，负责植物性食品、水产品、不属FSIS管理检验的动物肉（如野牛肉、兔肉、鹿肉、野生狩猎鸟兽肉）以及其他食品的进口检验。具体职能是：检查食品生产厂家和仓库，采集分析样品，确定是否受污染；在食品进入市场之前检查食品添加剂和色素的安全性；监管动物饲料的安全性；制定指导性作业规程、法规、准则和法律解释，并协助各州贯彻实施；监管牛奶、贝壳类海鲜和食品零售业(如饭店和杂货店)；制定各类食品加工厂卫生标准。