“肯定列表制度”(PositiveListSystem)是日本为加强食品（包括农产品（包括鲜活动物产品）、加工食品在内的所有食品）中农业化学品（包括农药、兽药和食品、饲料添加剂）残留管理而制定的一项新制度。
2005年6月21日，日本厚生劳动省正式发布了“肯定列表制度”最终稿，并于6月21日通过WTO秘书处向各成员国进行了通报（通报号G/SPS/N/JPN/145）。2006年5月29日，“肯定列表制度”正式生效实施。
日本提出“肯定列表制度”主要的法律依据是《食品卫生法》修订版第11条第三段：“任何食品，只要含有《农药取缔法》中规定的农药活性原料，或含有《确保饲料安全及品质改善法律》中规定的饲料添加剂，或含有《药事法》中规定的兽药（包括由活性成分发生化学变化而产生的物质，但不包括经日本厚生劳动省确定不会对人体健康造成负面影响的任何物质（豁免物质）），并且其含量超过了厚生劳动省在听取药事和食品安全委员会的意见后确定的不会对身体健康产生负面影响的水平（一律标准），就不得生产、进口、加工、使用、制备、销售或者为销售而存储，但食品中已建立最高残留限量标准（MRLs）的化学物质除外。”该条款可以简要表述为：对于已建立最高残留限量标准的化学物质，其在食品中的含量不得超过最高残留限量标准，对于未制定限量标准的农业化学品，其含量不得超过厚生劳动省确定的一律标准，但经厚生劳动省确定的豁免物质不受此限制。
日本“肯定列表制度”规定：
一律标准为0.01ppm
一律标准（uniformlimit）即日本政府确定的对身体健康不会产生负面影响的限制。该标准应用于“肯定列表制度”中未制定最大残留限量标准（MRLs）的农业化学品。未指定最大残留限量标准（MRLs）包括两种情况：
——在任何食品中均未制定最大残留限量；
——尽管已对某些食品制定了最大残留限量，但没有针对所讨论的食品制定残留限量。
65种豁免物质
豁免物质（exemptedsubstances）是指在一定残留量水平下不会对人体健康造成不利影响的农业化学品。目前，豁免物质共有65种，日本会定期（5年/次）对豁免物质清单进行重新审议和修订。豁免物质包括以下三类物质：
——根据《食品卫生法》第11条规定不需要对可摄入量进行风险评估的化学品；
——在《农药取缔法》中制定的农业化学品；
——（除上述情况外）其他不会对人体健康造成不利影响的物质。
（具体信息详见“豁免物质”）
758种农业化学品的暂定标准
暂定标准（provisionalMRLs）是针对具体农业化学品在具体食品中的残留制定的最大残留限量标准。由于日本计划5年/次对这些限量指标进行重新审议和修订，因此将之称为“暂定标准”。“暂定标准”生效后，具有完全的法律效力。
日本制定“暂定标准”时，主要参考了FAO/WHO联合食品法典委员会(CAC)标准、日本国内标准及日本认可的参考国(包括美国、加拿大、欧盟、澳大利亚、新西兰)的标准：
——有CAC标准而无日本国内标准，采用CAC标准；
——同时有CAC标准和日本国内标准，优先采用CAC标准。但对于高自给率的产品，优先采用国内标准；
——无CAC标准而有日本国内标准和参考国标准，优先采用国内标准。但对于高进口率的产品，优先采用参考国标准；
——无CAC标准和参考国标准而有日本国内标准，采用国内标准；
——无CAC标准和日本国内标准而有参考国标准，采用参考国标准；
——在采用参考国标准时，如有多个参考国标准，则采用其平均值。
（具体信息详见“暂定标准”）
15种不得检出物质
在所有食品中均“不得检出”的农业化学品共有15种。这些物质一旦被检出，即视为超标。
（具体信息详见“不得检出物质”）