从2003年开始，日本对食品安全管理体系进行了比较大的调整，不仅出台了《食品安全基本法》，而且成立了日本中央政府直属的“食品安全委员会”，从而使日本政府有关食品安全的职能分工格局有所变化，形成了以食品安全委员会（FSC）、农林水产省（MAFF）和厚生劳动省（MHLW）三个政府部门为主的国家食品安全管理体系，也标志着日本食品安全管理体制更趋向于集中管理。
食品安全委员会
食品安全委员会由内阁府直接领导，是对食品安全性进行鉴定评估，并向内阁府的有关立法提供科学依据的独立机构。根据《食品安全基本法》，该委员会由7名食品安全专家组成，委员全部为民间专家，经国会批准，由首相任命，任期3年。该委员会下设事务局（负责日常工作）和专门调查会。专门调查会负责专项案件的检查评估，下分化学物质评估组、生物评估组、新食品评估组3个评估专家组。
食品安全委员会在食品安全监管中的主要职责：
（1）实施食品安全风险评估。主要负责自行组织或接受农林水产省、厚生劳动省的具体风险管理部门的咨询，通过科学分析手法，对食品安全实施检查和风险评估。
（2）对风险管理部门进行政策指导与监督。根据风险评估结果，要求风险管理部门采取应对措施，并监督其实施情况。
（3）负责风险信息的沟通与公开。以委员会为核心，建立由相关政府机构、消费者、生产者等广泛参与的风险信息沟通机制，并对风险信息沟通实行综合管理。
厚生劳动省
随着食品安全委员会的成立，厚生劳动省有关食品安全风险评估的职能被相应剥离，目前在食品安全管理方面的职能主要是实施风险管理。其下属医药安全局及其食品安全处是日本食品安全监管的主要管理机构，主要职能是：执行《食品卫生法》保护国民健康；根据食品安全委员会的评估鉴定结果，制定食品添加物以及药物残留等标准；执行对食品加工设施的卫生管理；监视并指导包括进口食品的食品流通过程的安全管理；听取国民对食品安全管理各项政策措施及其实施的意见，并促进信息的交流。
食品安全处辖下负责食品安全事物的有关机构及主要职责：
（1）企划信息课：负责食品安全监管职能总体协调、风险交流等事宜。该课下设的口岸健康监管办公室，负责处理所有检疫事务及进口食物监督检查。
（2）基准审查课：负责食品、食品添加剂、农药残留、兽药残留、食物容器、食品标签等规范和标准的制定。该课下设的新型食品健康政策研究室负责制定标签规范和转基因食品的安全评估工作。
（3）监督安全课：负责执行食品检查、健康风险管理、家禽及生畜肉类安全措施以及HACCP体系的健全和完善、良好实验室规范、环境污染物监控措施、加工工厂卫生控制措施等。其下设进口食品安全对策室，负责确保进口食品的安全。
农林水产省
农林水产省负责食品安全管理的主要机构是消费安全局。消费安全局下设消费安全政策、农产安全管理、卫生管理、植物防疫、标识规格、总务等6个课以及1名消费者信息官员。农林水产省还新设立食品安全危机管理小组，负责应对重大食品安全问题。农林水产省有关食品安全管理方面的主要职能是：负责制定和监督执行农产品类食品商品的产品标准；采取物价对策，保障食品安全；农林水产品生产阶段的风险管理（农药、肥料、饲料，动物等）；防止土壤污染；促进消费者和生产者的安全信息交流。
地方政府
根据《食品卫生法》，地方政府主要负责三方面工作：
（1）制定本辖区的食品卫生检验和指导计划；
（2）对本辖区内与食品相关的商业设施进行安全卫生检查，并对其提供有关的指导性建议；
（3）颁发或撤销与食品相关的经营许可证。
地方政府也进行食品检验，但主要是由当地的保健所或肉品检查所等食品检验机构，对其相应权限范围内的产品进行检验。
其他食品安全相关机构
环境省
经济产业省
公平贸易委员会
动物检疫所
植物检疫所