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中红外区在红外光谱分析中应用最广，该区又分为官能团区(或称特征频率区，4000～1330cm-1)和指纹区(1330～400cm-1)。指纹区的红外吸收光谱很复杂，能反映分子结构的细微变化。每一种有机化合物在该区谱带的位置、强度和形状均不相同，如人的指纹一样，可用于认证有机化合物。此外，该区还有一些特征吸收峰，有助于鉴定官能团。
在红外光谱图中1250～400cm-1(8～25μm)的低频率区称为指纹区。这个区域出现的谱带是属于各种单键的伸缩振动和多数基团的弯曲振动(例如C—C,C—N,C—O键等)。这个区域的振动类型复杂而且重叠,特征性差,但对分子结构的变化高度敏感,只要分子结构上有微小的变化,都会引起这部分光谱的明显改变。