流动分离理论是凝胶色谱分离机理的一种理论模型。它把凝胶填料内的孔隙设想成由许多平行的毛细管组成。毛细管的排除效应使体积大的分子不能进入管内，而在管外，流动相流速大于管内。在能进入管内的溶质分子中，较大的溶质分子被流速场集中到管子中心而加快移动，较小的溶质分子因处于管内壁附近而降低了移动速度。其结果是溶质按分子体积大小分离。
流动分离在发动机喷管设计中扮演着重要的角色，对于给定的环境压强，“无流动分离”的条件限制了喷管的面积比，进而限制了喷管的真空特性。