高效液相色谱－质谱联用系统主要通过分析物质的分子量及元素组成等研究分子的结构等方面的信息。主要用于分析GC/MS不能分析，或热稳定性差，强极性和高分子量的物质，如生物样品（药物与其代谢产物）和生物大分子（肽、蛋白、核酸和多糖）。在生物、医药、农业、化学、精细化工等方面均可应用。