薄层色谱（TLC）是色谱技术的一种：将固定相涂布于玻璃板上或铝板上，成一均匀薄层，样品中各组分随流动相在薄层中定向移动，不同组分和固定性/流动相的作用力不同而实现了分离。分离后的物质通过直接观察，或者染色处理后观察，或者在紫外灯照射下观察。其中紫外照射荧光观察是最常用的方法。
但是薄层色谱法具有操作简单、快速，设备投资小、检测运行成本低等特点，在各领域得到广泛应用。
薄层色谱扫描仪是对薄层色谱进行定量检测分析的仪器，目前市场上有两类薄层色谱扫描仪：
一．传统薄层色谱扫描仪
是一种全波长扫描仪，提供波长200-800nm范围的可选波长，通过检测样品对光的吸收强弱确定物质含量。该扫描仪也能检测254nm或365nm紫外照射产生的荧光强度，从而进行特异性检测。
传统扫描仪的扫描方式分为：单光束扫描、双光束扫描和双波长扫描。
单光束扫描：采用单一光束（即单一波长扫描），其结果就是上图中一特定波长条件下的单条曲线。仪器结构简单，但是基线不稳，实际中很少使用。
双光束扫描：采用同一波长的两个光束同步扫描，一个光束扫描样品展开通道，另一个光束扫描样品通道旁边的空白区域，这样就可扣除空白吸收，部分消除薄层板展开方向铺板不均匀产生的误差。但是无法消除垂至于展开方向铺板不均匀产生的误差。
双波长扫描：两个不同波长的光束交替扫描样品展开的通道区域，波长选择时，一个波长为样品最大吸收位置，另一是吸收极小值位置。如上图所示，如检测目标为3（则最大吸收峰为290nm，极小值可选200nm、260nm或325nm）。这种方法可基本消除铺板不均产生的误差，因此扫描基线很稳定。
以上各种扫描方式中，根据光源大小（扫描精度）不同可分为直线扫描和锯齿扫描。
直线扫描：用可以覆盖样品展开通道的宽光束一次性扫完整个展开通道，即在展开方向上（图中横坐标），每个点的数据只是一个扫描数据点。
锯齿扫描：采用点状光源，光点尺寸小于通道宽度，因此在展开方向移动到任何一点时，光源都要逐点沿样品通道方向扫描，即形成“之”形（或锯齿形扫描）。这样，在展开方向上每一点的数据都是多个点扫描结果的累加值。锯齿扫描的精度相对直线扫描明显提高。
目前，在定量分析中，薄层扫描多采用双波长锯齿扫描。
分析误差
薄层分析的误差包括三个方面：点样误差、展开误差、定位误差和检测误差。
采用自动点样器，误差可控制在0.5%，熟练的分析人员用毛细管点样，误差小于1.0%，若用微量进样器，误差会大一些。
展开误差来自铺板的均匀性和样品展开效果，若采用预制的高效薄层板，误差会明显降低，采用双波长锯齿扫描，也能有效降低展开误差。
定位误差值斑点的位置和大小判定，扩散、脱尾等易产生定位误差。检测误差来自光源的稳定性、光检测器的稳定性以及样品对光吸收（或荧光产生）的线性度等方面。为减少这些误差，需要非常精密的机电系统，这也直接导致产品高昂的价格。
通常情况下，薄层扫描分析的误差在3％以下。
二．薄层数码成像分析仪
薄层数码成像分析技术是利用数码成像设备获得薄层板上各点的光强度信息，之后对获得图像进行分析的薄层分析技术。数码成像设备包括两种：照相机和扫描仪（由于数码扫描仪采用逐行成像技术，为便于区分传统薄层扫描仪的逐点扫描，将数码扫描仪称为逐行扫描仪）。
和传统薄层扫描一样，照相机或逐行扫描仪都具有光检测系统，它们都是将光量线性转化为电信号的元件。不同的是，照相机和逐行扫描仪可进一步将电信号转换成电脑图像，图像中单个点（像素）的颜色深浅反映了光的强弱。
因此，薄层数码成像更接近人眼观察检测，结果更直观，因此非常适合鉴别，特别是中药指纹图谱的识别。
数码成像仪不仅能完成普通白光照射下的成像分析，再装配254nm或365nm紫外灯后，也可以检测特异荧光，特异荧光检测。
两类设备的比较：
根据数码成像原理，薄层数码成像从技术上可理解为单光源密集扫描。和传统薄层扫描系统相比，由于使用单一光源，效果不如双波长扫描（即无法消除铺板不均产生的影响）；而在扫描精度方面，却要超过锯齿扫描。
在光源稳定均匀性控制方面，照相机采用一次性闪光，不存在稳定性问题，但是照相机用点光源发散形成面光源照射到薄层板上，均匀性较难保证；逐行扫描仪采用线性光源，光源稳定均匀性较传统薄层扫描的光束要好。
数码成像分析以图像显示，对斑点正确选择可消除定位误差。因此在采用预制高效薄层板分析时，数码成像分析可获得与传统薄层扫描仪同等的定量精度和准确度。
在操作时间方面，照相机成像最快，逐行扫描仪需数秒或者几十秒，而传统薄层扫描仪通常要几分钟。
数码成像分析的唯一不足在于只能使用白光、254nm、365nm和312nm等特定光源，而数码成像的显著优势是价格，比传统薄层扫描仪低得多。