近日，农业部网站刊文《转基因食品与非转基因食品具有同样的安全性》，断定转基因食品是安全的。这被看做是对广大质疑转基因食品的人们的强硬回应。
今年6月农业部对三款转基因大豆新品种发放安全证书，早在2009年对两种转基因水稻颁发安全许可证。这两次为转基因主粮“放行”一直是备受争议的。仅是引用美国的转基因食品总量试图说明转基因食品对于人来说安全，是不严谨的。美国的转基因食品，用作饲料、工业原料的数量也很多，如果不把这个数据列出来，就不能笼统的说明其对人的安全性。
转基因研究的一些成果成为争议源。2012年9月，法国教授用转基因玉米NK603进行大鼠两年饲喂并引起大鼠产生肿瘤的研究，尽管欧盟食品安全局作出的最终评估对其研究过程不认可，但后来欧盟拨款300万欧元，资助一项使用NK603转基因玉米饲养老鼠的实验。这种态度已经足以说明，人命无小事。事实上，人体并非一个冰冷的机器，经常会有一些个案并不符合常规的科学，假如出现了转基因玉米致癌的万分之一个可能，都应该认真研究与评估下去，而不是武断草率地说转基因就是安全的。
转基因生物安全委员会委员林敏指出，“转基因安全问题本质上还是一个科学问题，转基因争论只能本着科学的态度，以事实为依据，才能正本清源，远离谬误。”坦白说，转基因是一门现代科技，科技的本原是中性的。但是否有利于人类，主要看它用来做什么了，以及投入使用的过程是否以人的利益为最先考虑的因素，从研发到投产再到消费者手里，过程是否透明？监管是否到位？以及消费者的权利是否能够受到很好的保护。
尽管一些专家说经过安全论证过的转基因食品就是安全的，但是到了厂家生产那一环，监管是否到位依然是个问题。以现时人们最热的有机食品为例，花钱买认证的厂家可能并不少见。那么转基因食品能够出淤泥而不染？北大教授刘华杰认为，无法证明通过安全评价上市的转基因食品与传统食品一样安全，“不能说通过环评的工程就没有环境问题。”
国家法规要求转基因食品在包装上标注，但是现实中我们却经常很难分辨某产品是否为转基因。以食用油为例，如果是非转基因的原料的，那么会标注得很明显，但如果是转基因的则会用小的不能再小的字标注。这算好的，有的干脆不标注。标不标出转基因，涉及到消费者的知情权，法规的规定是合理的，但是现实中的执行还是非常苍白的。并且，豆类这种重要食品，除了各种常见的豆子以外，还经常被用于很多其他产品的生产原料，你可能在买豆子时会注意是否为转基因，但是在买酱油时并不一定会想得起分辨一番。