科研院所作为科技创新的中坚力量，经过多年的改革发展，创新研发能力不断增强。截至2015年底，山东省县级以上政府部门所属研究与开发机构有215个，科技人员16145人，拥有有效授权发明专利2807件，科研院所在经济文化强省建设中发挥了重要作用。但从发展实践看，科研院所发展还面临很多体制机制的束缚和制约，创新活力还没有得到充分展现，政事不分、管办不分、运行僵化、自主权不足等问题比较突出，严重制约了科研人员创新的积极性、主动性和创造性。
山东省委、省政府从贯彻落实中央部署和科研院所发展实际出发，高度重视科研院所法人治理结构建设工作。2015年6月，省委、省政府下发通知要求在事业单位开展法人治理结构改革试点，并确定在省科学院、省农科院、省医科院的部分科研院所开展试点，进行了积极的探索。今年10月，按照省委、省政府主要领导要求，有关部门在集中广泛深入调查研究基础上，制定出台了《山东省科研院所法人治理结构建设实施方案》（以下简称《实施方案》），明确提出省属25家科研院所今年年底，各市县所属科研院所在2017年6月底前，全面建立健全法人治理结构，逐步取消行政级别，按照新的体制机制运行。《实施方案》在创新管理体制、规范运行机制、增强发展活力等方面提出既体现改革精神要求、又立足山东实际的改革措施，旨在通过加快建立现代科研院所治理结构，减少政府部门对科研院所的微观管理和直接管理，赋予科研院所更大自主权，最大限度地激发科研院所的创新活力。
一、切实加强党的领导。加强党对科研院所政治、思想和组织领导，保证法人治理结构建设坚持正确方向。一是坚持党总揽全局协调各方，把党的领导融入科研院所法人治理各个环节，确保党的工作不间断，党组织作用不削弱，做到三个统一：即理事会决策地位与坚持党的领导相统一，理事会重大业务决策与党组织职责作用发挥相统一，理事会用人权与党管干部原则相统一。二是坚持党组织的政治核心作用，把科研院所党组织内嵌到法人治理结构之中，理事会决策前，党组织要及时召开会议研究讨论，形成集体意见；理事会决策时，参加理事会的党组织领导成员要认真履行职责，保证党组织的意见得到充分表达和体现；理事会决策后，党组织要发动党员团结带领职工保证决策顺利实施。三是坚持党管干部党管人才原则，健全“双向进入、交叉任职”配备方式，党组织领导班子成员按照章程进入理事会和管理层，理事会和管理层中的党员领导人员按照党内有关规定进入党组织领导班子。
二、搭建法人治理的组织架构。按照决策权、执行权、监督权互相协调、互相制约的原则，指导举办单位和科研院所建立以理事会及其领导下的管理层为主体的治理结构，清晰界定职责定位。理事会是科研院所的决策机构，负责本单位的改革发展稳定等重大事项，理事的组成要有代表性，让服务对象、专家对科研院所的发展说得上话、插得上手。管理层是理事会的执行机构，实行聘任制，对理事会负责。由于科研院所组成结构比较简单、资金来源相对单一、发展目标也很明确，在建立法人治理结构中，由各级事业单位监督管理机构选派监事，不再组建监事会。建立法人治理结构，首要任务是制定好单位章程。章程是法人治理结构的制度载体，是理事会、管理层和监事的议事规则、运行规则，也是有关部门进行监管的重要依据。同时，要建立健全相关内部管理制度，保障科研院所规范有序自主管理、自我发展。
三、落实科研院所法人自主权。法人自主权是建立法人治理结构的关键和核心。法人自主权落实不到位，法人治理结构就难以运行。《实施方案》规定的法人自主权主要是“四落实、两扩大、一改进”，包括落实编制人事管理自主权、收入分配自主权、科研经费管理自主权、科技成果转化收益处置和使用权；扩大科研仪器设备采购自主权、基本建设项目管理自主权；改进科研人员出国及兼职管理。每一项内容都很明确，含金量非常高，落实好这些政策措施将极大激发科研院所和科研人员的创新活力和动力。同时，要求转变对科研院所的管理方式，聚焦制约科技创新的“痛点”、“堵点”，继续削减行政审批事项，规范权力运行；全面梳理管理服务事项，简化办事环节和手续，优化服务流程，实行清单式管理，为科研院所提供更加优质高效的服务。
四、健全法人治理结构的监管体系。有关部门要进一步落实监管责任，加强对科研院所的事中事后监管。加强对科研院所科技创新工作的指导，切实把工作重点由研发管理向创新服务转变。创新监管方式，建立健全政府监管和社会监督相结合的多层次、全方位的监管机制。强化绩效考核，注重从科技人才队伍、创新平台建设、创新成果转化、持续创新能力和法人治理结构作用发挥等方面加强对科研院所的考核。