作为环境保护的技术基础，环境监测直接决定环境保护的效果和水平，而环境监测离不开计量监测。随着国家和社会对环境保护力度的加强，以及我市“质量强市”工作的深入开展，市计量院不断加强对环境监测用计量器具的监督管理，保障污染源自动监控设施的有效运行，以及环境监测计量器具量值准确可靠。针对我市企事业单位环境监测计量器具逐年快速增加的情况，市计量院不断加大投入，专门建成了一个面积达1000多平方米的流量检测实验室，配备了一支以研究生学历为主要技术骨干的检测队伍，专门负责对全市江河各取水口、企事业单位排污水口的水流量监测计量器具进行巡检，同时还负责对各类流量计生产企业的出厂流量计进行监督检测。近3年，该院先后为省内外500多家单位开展计量服务，南京市江河的各取水口都留下了他们的足迹。2013年，市计量院还进行了内部职能重组，强化了烟气分析、PM2.5等环保项目的检测力量，引进多名具有研究生学历的环境工程专业人才，让南京计量人在全市环境保护中主动“有为”。
2015年，南京市质监局与南京市环保局联合部署对南京市企业开展在线环境检测。市计量院主动请缨，积极组织、制订周密计划，仅2016年该院就为136家环保企业提供了技术服务，先后检测水质监测仪、重金属水质分析仪、烟气分析仪等环保仪器532台，为环保监测计量器具的有效运行提供技术支撑，发挥其“警戒”作用。在检测期间，市计量院的技术人员还主动向企业宣传环境监测计量的重要作用和国家有关政策和措施，努力让全社会共同关注环境监测的计量工作、了解环境计量工作。在该院一次向企业征求服务需求的走访中，企业由衷地说：对从事环保计量检测的人员来说，市计量院就是担任警戒环保防线的“计量哨兵”。