液相色谱中的许多问题都能在谱图上反映出来，其中有一些问题可以通过改变设备参数得到解决;而其他的问题必须通过修改操作程序来解决。对于色谱柱和流动相的正确选择是得到好的色谱图的关键。
一、拖尾峰
1.筛板阻塞，柱子两头的过滤筛板如果堵塞，样品就会在筛板部分受阻而形成时间延迟，使得样品在柱后流出时峰型形成拖尾。需要通过反冲色谱柱，或者更换筛板。
2.色谱柱塌陷，是指色谱柱由于其它原因引起了柱效率丧失，不能对物质形成保留，使得物质不在固定相上保留而随流动相流出，但是又还有一点柱效，因此形成拖尾。需要重新填充色谱柱或者更换色谱柱。
3.有污染，即样品不在同一起跑线起跑，从后面开始跑得到达终点稍晚，表现出拖尾。更换色谱柱或者采用有机溶剂梯度洗脱1h以上，以冲洗柱子。
4.流动相PH值选择错误，如某PH下有的样品存在分子型和离子型的动态平衡，离子型的陆续向分子型转化就会表现出拖尾。调节PH值可抑制分子解离，改善拖尾，对于碱性化合物，相对较低的PH值更有利于得到对称峰。
二、前沿峰
1.样品过载，被保留的样品在正常出峰时间前陆续出来，形成前沿峰。降低样品含量。
2.样品溶剂选择不恰当，当样品溶剂的洗脱能力大大强于流动相时会出现前沿峰，例如，在反相色谱中用已腈做样品溶剂，而流动相的洗脱力较弱时会出现前沿峰。选择流动相或者接近流动相的比例作为样品溶剂。
3.色谱柱损坏，色谱柱柱效损失，不能对物质形成保留。更换色谱柱。
4.在大峰前有小峰出现，假象前沿峰，即大峰前包埋了没有分开的小峰。调整流动相洗脱梯度。
三、基线漂移
1.柱温波动，即使是很小的温度变化都会引起基线的波动，通常影响示差检测器、电导检测器、较低灵敏度的紫外检测器或其它光电类检测器。使用柱温箱，控制好柱子和流动相的温度，在检测器之前使用热交换器。
2.流动相不均匀，流动相条件变化引起的基线漂移大于温度导致的漂移。使用HPLC级的溶剂，流动相在使用前进行脱气处理。
3.流通池被污染或有气体。用甲醇或其他强极性溶剂冲洗流通池。如有需要，可以用1N的硝酸(不要用盐酸)。
4.流动相配比不当或流速变化。更改配比或流速，为避免这个问题可定期检查流动相组成及流速。
5.样品中有强保留的物质，以馒头峰样被洗脱出，从而表现出一个逐步升高的基线。使用保护柱，如有必要，在进样之间或在分析过程中，定期用强溶剂冲洗柱子。
四、出现宽峰
1.色谱柱污染或失效，造成塔板数降低。更换同样类型的色谱柱，如果新柱子可以提供对称的色谱峰，则用强溶剂冲洗旧柱子。
2.柱子与检测器之间的管路太长或管路内径太大。更换内径较小的短管路。
3.检测器对反应时间或池体积响应过大。减少响应时间或使用更小的流通池。
五、基线噪音
1.在流动相、检测器或泵中有空气(尖锐峰)。流动相脱气，冲洗系统以除去检测器或泵中的空气。
2.漏液。检查管路接头是否松动，泵是否漏液，是否有盐析出和不正常的噪音。如有必要，更换泵密封。
3.流动相混合不完全。用手摇动使混合均匀或使用低粘度的溶剂。
4.温度影响(柱温过高，检测器未加热)。使用柱温箱，减少温度差异或加上热交换器。
5.在同一条线上有其他电子设备(偶然噪声)。断开LC、检测器和记录仪，检查干扰是否来自于外部，加以更正。采用精密级稳压电源。
六、分离度不够
1.流动相梯度洗脱设置不合理。优化梯度洗脱程序。
2.流动相污染或变质(引起保留时间变化)。重新配置流动相。
3.保护柱或分析柱阻塞。去掉保护柱进行分析，如果必要则更换保护柱;如果分析柱阻塞，可进行反冲;如果问题仍然存在色谱柱可能被强保留的污染物损坏，建议使用恰当的再生程序;如果问题仍然存在，进口可能阻塞了，更换入口处的筛板或更换色谱柱。