近年来，随着第三方检测的兴起，我国的检验检测市场化发展进一步加快。从整体而言，由于起步较晚，我国的食品安全检测体系还需进一步的整合优化，部分产业的技术也面临相对滞后的劣势。
保卫舌尖上的安全一直是近两年全国两会关注的重点。在现实生活中，人们食用的蔬菜和水果面临农残超标的威胁，摄入的肉类可能会含有各种抗生素，买来的熟食则可能会有地沟油、化学添加剂、不卫生等影响身体健康的不利因素。食品安全防不胜防，普通民众依靠肉眼已经不能有效识别其危害与否。在检验监督食品问题的过程中，各类检验检测机构应运而生。
目前，我国的食品检测机构主要由卫计委疾控体系、质检总局质检院体系、质检总局检验检疫体系、农业部农产品质监站、第三方食品检测机构和食品药品检测体系构成，已经形成了相对完整的检测体系。近年来，随着第三方检测的兴起，我国的检验检测市场化发展进一步加快。从整体而言，由于起步较晚，我国的食品安全检测体系还需进一步的整合优化，部分产业的技术也面临相对滞后的劣势。概而论之，我国食品检验机构面临的挑战主要由以下两个方面构成：
内在挑战
所谓的内在挑战指的是从检验机构本身而言，所面临的一些问题和需要改进的地方。从某些方面而言，由于资金、时间等问题，我国的食品安全检测机构虽然发展势头喜人，但依旧存在着不尽如人意的地方。
首先，食品检测本身复杂性会给检测机构的发展壮大带来一定的难度。食品不同于其他物品，在对食品进行检测分析时，除了食品的原材料外、农副产品外，还有各类半成品、添加剂、辅料和产品，种类繁多，成分复杂，且来源不一。不同的种类对应着不同的检测要求，大大增加了检测难度；其次，我国的食品检测技术发展相对滞后。食品安全检测技术对食品质量安全起着重要的“把关”作用。从目前的发展趋势看，我国的食品检测技术正朝着快速化、便捷化和精细化的方向发展，尤其是色谱、光谱、色质联用等为代表的各种高端技术，在食品安全的检测上发挥着越来越重要的作用。但面对国外企业与时俱进的革新力，我国企业在核心技术的掌握上始终不能达到与其同分一杯羹的程度。技术上的不足，也使得我国食品安全检测机构失去了大部分国际市场竞争力̷̷除上述两种外，缺乏完整的食品风险评估体系及检测标准，也是我国检测机构亟待解决的问题之一。
外在挑战
食品安全关乎着人类的生存问题，对食品安全检测的关注也显得尤为重要。要想切实加强对食品安全的检测监督，相关机构除了要意识到上述的内在问题外，还需要从统筹全局，从大环境出发，制定有效的发展战略。
我国的食品检测机构已经随着第三方检测的兴起走向市场化。市场经济本身就是优胜劣汰、客户至上。在发展的过程中，如何提升市场竞争力，建立健全公正合理的市场竞争机制都是行业内部需要制定商榷的问题之一。此外，随着国际技术的介入，市场竞争更加激烈，提升技术创新性已经成为维系企业发展的唯一途径。
为此，我国需要大力推进我国检验检测机构的改革，统筹规划各类检测机构的数量和布局，精编机构编制，规范业务和人员管理，推动检验检测机构转企改制并逐步完善相应的政策措施。同时，积极推动公平竞争的市场环境，放宽市场准入，规范行政审批，推进价格改革，进一步催生检验检测技术的发展。